Από τα πρώτα έργα που έγραψε ο Πλάτων, πρόκειται για την εξιστόρηση της περίφημης δίκης του Σωκράτη. Στοιχεία για το γεγονός απαντώνται επίσης στους διαλόγους Ευθύφρων, Κρίτων, Φαίδων.

Η Απολογία είναι ο λόγος υπεράσπισης του Σωκράτη που εκφώνησε στο δικαστήριο για να ανασκευάσει τις κατηγορίες εναντίον του: α) ότι δεν πιστεύει στους θεούς της πόλης αλλά σε άλλους, καινούργιους θεούς, β) ότι διαφθείρει τους νέους με τη διδασκαλία του.

Ο Σωκράτης πρώτα απαντά σε παλαιότερες κατηγορίες που τον συνέδεαν με τους φυσικούς φιλοσόφους (όπως τον Αναξαγόρα) και τους Σοφιστές, έτσι όπως τον παρουσίαζε ο Αριστοφάνης στις κωμωδίες του. Στη συνέχεια, διαφοροποιεί τη θέση του από τους επαγγελματίες δασκάλους της σοφίας. Πώς είναι δυνατόν να διαφθείρει τους νέους αφού δεν «διδάσκει» (με την αυστηρή έννοια του όρου); Αυτό που έκανε ήταν να περιδιαβαίνει την Αθήνα, να συναντά και να «εξετάζει» τους ανθρώπους που θεωρούνταν σπουδαίοι και σοφοί ∙ διαπίστωνε την ανεπάρκειά τους και αυτό τους προκαλούσε αμηχανία. Ταυτόχρονα όμως φαινόταν η δική του ανωτερότητα σε σύγκριση με τους ανθρώπους αλλά και η κατωτερότητά του σε σύγκριση με τον θεό.

Στη συνέχεια της απολογίας του ο Σωκράτης αμφισβητεί την κατηγορία ότι πιστεύει σε καινούργιους θεούς («καινά δαιμόνια»). Σύμφωνα με τον Πλάτωνα, ο Σωκράτης αναφερόταν στο «δαιμόνιο» του δηλαδή μια εσωτερική φωνή. Πιθανόν η κατηγορία να συνδέεται με αυτό.

Σκοπός του δεν ήταν καταρχήν να απαντήσει στις κατηγορίες ώστε να αθωωθεί από το δικαστήριο, αλλά ο ίδιος να κατηγορήσει τους δικαστές που τον καταδίκασαν και να παρουσιάσει τον εαυτό του ως σπουδαίο φιλόσοφο. Ακόμα κι αν τον αθωώσουν με τον όρο να μη φιλοσοφεί, εκείνος θα συνεχίσει να φιλοσοφεί γιατί είναι θεόσταλτος, σαν την αλογόμυγα που ενοχλεί το νωθρό άλογο. Άρα, η φιλοσοφική δραστηριότητα είναι εντολή του θεού.

Στο τελευταίο μέρος της απολογίας του προτείνει στο δικαστήριο μια ποινή σαν αντιπρόταση στην καταδικαστική απόφαση: να σιτίζεται δωρεάν στο πρυτανείο, ένα προνόμιο που είχαν μόνο οι Αθηναίοι Ολυμπιονίκες! Επειδή όμως κάτι τέτοιο δεν θα μπορούσε να ισχύσει, προτείνει να πληρώσει ως ποινή ένα μεγάλο χρηματικό ποσό το οποίο θα του δώσουν οι φίλοι του γιατί ο ίδιος διαθέτει οικονομικά μέσα.

Προειδοποιεί ότι σε περίπτωση που οι Αθηναίοι του ζητήσουν να φύγει από την πόλη και να σταματήσει να φιλοσοφεί, δεν θα τους υπάκουε.

Ζωή χωρίς ερωτήματα και προβληματισμό δεν αξίζει να τη ζεις.

Αναγνωρίζει ως δικαστές μόνο όσους ψήφισαν την αθώωσή του. Σ’ αυτούς απευθύνεται λέγοντας πως ο θάνατος δεν είναι κακό: είτε είναι μια κατάσταση που ο άνθρωπος δεν υπάρχει, άρα δεν αισθάνεται τίποτα, είτε μεταφέρεται σε έναν τόπο για να κριθεί, άρα εκεί ο Σωκράτης δεν έχει να φοβηθεί τίποτα.

Πολλοί μελετητές θεωρούν ότι η Απολογία είναι αξιόπιστη ιστορική μαρτυρία του λόγου που εκφώνησε ο Σωκράτης στο δικαστήριο. Άλλοι θεωρούν ότι σκοπός του Πλάτωνα δεν ήταν η απόλυτα ακριβής καταγραφή των γεγονότων στο δικαστήριο αλλά α) να παρουσιάσει μια εικόνα του Σωκράτη, β) να προκαλέσει τον αναγνώστη να σκεφτεί τι θα ψήφιζε αν ήταν δικαστής, γ) να γράψει ένα κείμενο όπως οι λογογράφοι τους οποίους κατέκρινε στους διαλόγους του.

Ένας άλλος μαθητής του, ο Ξενοφών έγραψε επίσης την Απολογία του Σωκράτη, αρκετά διαφορετική από την Απολογία του Πλάτωνα.