Η θέση της Ακαδημίας έξω από τα τείχη, στα δυτικά του Διπύλου, δίπλα στον ποταμό Κηφισό και κοντά στο λόφο του Ίππιου Κολωνού. το 387 π.Χ. ο Πλάτων επιστρέφοντας στην Αθήνα από το α΄ ταξίδι του στην Ιταλία ιδρύει στην περιοχή του Γυμνασίου την περίφημη σχολή του.

Η θέση της Ακαδημίας τοποθετείται σύμφωνα με τις γραπτές πηγές έξω από τα τείχη, στα δυτικά του Διπύλου, δίπλα στον ποταμό Κηφισό και κοντά στο λόφο του Ίππιου Κολωνού. Η Ακαδημία βρισκόταν σε μία απόσταση περίπου 1.5 χλμ. από την Αθήνα, στο τέλος του Δημοσίου Σήματος, δηλαδή του δημοσίου νεκροταφείου της πόλης.

Το όνομα της Ακαδημίας ή Εκαδημείας οφείλεται στον πρώτο οικιστή της περιοχής ήρωα Ακάδημο ή Εκάδημο. Κατά τον 5ο αι. το ιερό άλσος της Ακαδημίας ήταν αφιερωμένο στην Αθηνά, στο ιερό της οποίας υπήρχαν οι «δώδεκα μορίαι ελαίαι», ιερές ελιές, από τις οποίες προέρχονταν το ιερό λάδι που προσφερόταν ως βραβείο στους νικητές των Παναθηναίων. Επίσης υπήρχε το τέμενος του Μορίου Δία και τιμώνταν και άλλοι θεοί και ήρωες, όπως o Ερμής και o Ηρακλής. Υπήρχε κοινός, επιβλητικός βωμός, αφιερωμένος στον Προμηθέα και τον Ήφαιστο. Από τα τέλη του 5ου αι. το Γυμνάσιο της Ακαδημίας, όπως και τα άλλα Γυμνάσια, αρχίζει να αποκτά παράλληλα με τον αθλητικό και πνευματικό χαρακτήρα. Σοφιστές και φιλόσοφοι, μεταξύ των οποίων και ο Σωκράτης, συγκεντρώνονταν στους χώρους των γυμνασίων και ανέπτυσσαν τις ιδέες και θεωρίες τους στους νέους που ασκούνταν εκεί.

Το 387 π.Χ. ο Πλάτων επιστρέφοντας στην Αθήνα από το α΄ ταξίδι του στην Ιταλία ιδρύει στην περιοχή του Γυμνασίου την περίφημη σχολή του. Η φήμη της σχολής του υπήρξε τόσο μεγάλη που ταυτίστηκε με το όνομα του χώρου. Ο Πλάτων θάφτηκε στην Ακαδημία ύστερα από 40 χρόνια διδασκαλίας. Η Ακαδημία συνεχίζει να λειτουργεί ως φιλοσοφική σχολή και μετά το θάνατο του φιλοσόφου με τους διαδόχους του. Ο διάδοχος του Πλάτωνος στην Ακαδημία Σπεύσιππος αφιέρωσε αγάλματα των Χαρίτων στο Μουσείο. Ο Πέρσης Μιθριδάτης, θαυμαστής του Πλάτωνος, έστησε ανδριάντα του φιλοσόφου στο ιερό των Μουσών, έργο του γνωστού γλύπτη Σιλαλίωνος του 4ου αι π.Χ. . Ο χώρος της Ακαδημίας υπέστη δύο μεγάλες καταστροφές. Πυρπολείται από τον Φίλιππο τον Ε΄της Μακεδονίας το 200 π.Χ. και το 86 π.Χ. από τον Σύλλα, που κόβει τα δένδρα του άλσους της Ακαδημίας καθώς και του Λυκείου, προκειμένου να κατασκευάσει πολιορκητικές μηχανές για την πολιορκία του Πειραιά. Αυτή η δεύτερη καταστροφή πρέπει να ήταν καθοριστική γιατί το 76 π.Χ. που επισκέπτεται την Ακαδημία ο Κικέρων τη βρίσκει ερημωμένη. Φαίνεται ότι έκτοτε η Πλατωνική σχολή συνέχισε να λειτουργεί υπό την εποπτεία μεγάλων φιλοσόφων, αλλά όχι στον ιστορικό της τόπο. Τον 6ο αι. μ.Χ. με διάταγμα του Ιουστινιανού η Φιλοσοφική Σχολή της Ακαδημίας κλείνει, όπως όλες οι φιλοσοφικές σχολές των Αθηνών.

Οι ανασκαφές απέδειξαν ότι η περιοχή της Ακαδημίας είχε κατοικηθεί από την προϊστορική εποχή. Από τη γεωμετρική εποχή ξεχωρίζει η λεγόμενη «Ιερά Οικία», με σημαντικά ευρήματα που θεωρήθηκε χώρος λατρείας του Ακαδήμου, αν και αυτή η ταύτιση έχει εντόνως αμφισβητηθεί διότι τα μέχρι σήμερα στοιχεία δεν είναι επαρκή για μια τέτοια ερμηνεία. Δύο συγκροτήματα που ξεχωρίζουν στην περιοχή και ανήκουν στις εγκαταστάσεις του περίφημου Γυμνασίου της Ακαδημίας είναι το λεγόμενο Γυμνάσιο ή Παλαίστρα και το τετράγωνο περίστυλο κτήριο, γνωστό και ως Τετράγωνο Περιστύλιο.