Η Ποικίλη Στοά βρίσκεται στην βόρεια πλευρά της Αγοράς της Αθήνας και η κατασκευή της χρονολογείται περίπου στο δεύτερο τέταρτο του 5ου αι. π.Χ. Απέκτησε την ονομασία «Ποικίλη» (πολύχρωμη) γιατί οι τοίχοι της διακοσμούνταν με τα έργα του Πολυγνώτου, του Μίκωνος και του Παναίνου. Πέραν των άλλων χρήσεών της η στοά υπήρξε χώρος διδασκαλίας για τους φιλοσόφους.

Η Ποικίλη Στοά είναι το σημαντικότερο μνημείο στην βόρεια πλευρά της Αγοράς, αλλά και ένα από τα πιο γνωστά και φημισμένα οικοδομήματα της Αρχαίας Αθήνας. Οι ανασκαφές του 1981 από την Αμερικανική Σχολή Κλασικών Σπουδών έφεραν στο φως λείψανα κτιρίου τα οποία ταυτίζονται με μεγάλη πιθανότητα με την συγκεκριμένη στοά. Μέχρι σήμερα έχει ανασκαφεί μόνο η νοτιοδυτική γωνία της κρηπίδας της στη βόρεια πλευρά της οδού Αδριανού (βόρεια από την γραμμή του ηλεκτρικού σιδηροδρόμου), ενώ το μεγαλύτερο μέρος της παραμένει κρυμμένο κάτω από τον σύγχρονο οικισμό. Το πλάτος του κτιρίου φτάνει τα 12,5 μ. και το μήκος του υπολογίζεται ότι είναι τουλάχιστον 36 μ. Επρόκειτο για στοά δωρικού ρυθμού με εσωτερική ιωνική κιονοστοιχία. Για την κατασκευή της χρησιμοποιήθηκε κυρίως ασβεστόλιθος διαφόρων ειδών, αλλά τα ιωνικά κιονόκρανα ήταν μαρμάρινα.

Σύμφωνα με την κεραμική που βρέθηκε στα θεμέλια, το κτίριο χρονολογείται στην περίοδο 475-450 π.Χ.Η στοά ήταν στραμμένη προς τον Νότο, προσανατολισμός ο οποίος προσέφερε προστασία από τους ψυχρούς βόρειους ανέμους, και ταυτόχρονα ανεμπόδιστη θέα προς την Οδό των Παναθηναίων και την Ακρόπολη.

Η στοά αρχικά ονομαζόταν Πεισιανάκτειος, από το όνομα του κατασκευαστή της Πεισιάνακτα. Ωστόσο επικράτησε αργότερα το όνομα Ποικίλη (πολύχρωμη) καθώς οι τοίχοι της κοσμούνταν με ζωγραφικούς πίνακες μεγάλων καλλιτεχνών της κλασικής αρχαιότητας, Τα έργα είχαν φιλοτεχνήσει ο Πολύγνωτος, ο Μίκων και ο Πάναινος, και απεικόνιζαν πολεμικά κατορθώματα των Αθηναίων, μυθολογικά και ιστορικά: την Αμαζονομαχία, την άλωση της Τροίας, τη νίκη επί των Σπαρτιατών στην Οινόη και την νίκη επί των Περσών στον Μαραθώνα. Ο Παυσανίας τα είδε στη θέση τους μετά από 600 χρόνια και τα περιγράφει με αρκετές λεπτομέρειες: «Οι ζωγραφιές τελειώνουν με παράσταση εκείνων που πολέμησαν στον Μαραθώνα. Οι Πλαταιείς από τους Βοιωτούς και όσοι στρατιώτες προέρχονταν από την Αττική συγκρούονται με τους βαρβάρους. Στο σημείο αυτό τα δύο μέρη είναι ισόπαλα στη μάχη. Στο κέντρο της μάχης παριστάνονται οι βάρβαροι να φεύγουν σπρώχνοντας ο ένας τον άλλο προς το έλος και στην άκρη της ζωγραφιάς εικονίζονται τα φοινικικά πλοία και οι Έλληνες που σκοτώνουν όσους από τους βαρβάρους σπεύδουν να μπουν σε αυτά. Εδώ απεικονίζεται ο ήρωας Μαραθών, από τον οποίο πήρε το όνομά της η πεδιάδα, και ο Θησεύς που παριστάνεται να βγαίνει από τη γη. Επίσης απεικονίζονται η Αθηνά και ο Ηρακλής. Σύμφωνα με τα λεγόμενα των Μαραθωνίων, αυτοί πρώτοι τίμησαν τον Ηρακλή ως θεό. Ανάμεσα σε εκείνους που μάχονται, διακρίνονται καλύτερα στη ζωγραφιά ο Καλλίμαχος, που είχε εκλεγεί πολέμαρχος από τους Αθηναίους, και από τους στρατηγούς, ο Μιλτιάδης.» (1.15.1-4)

Οι πίνακες που είχε δει ο Παυσανίας τον 2ο αι. μ.Χ. αφαιρέθηκαν από τη στοά μάλλον στα χρόνια του επισκόπου Συνεσίου, ο οποίος γράφει γύρω στο 398 μ.Χ.: «…το μόνο που μας μένει είναι να περιδιαβαίνουμε και να θαυμάζουμε την Ακαδημία και το Λύκειο και, μα τον Δία, την Ποικίλη Στοά, από την οποία πήρε το όνομά της η φιλοσοφία του Χρυσίππου, που τώρα πια δεν είναι πολύχρωμη, γιατί ο ανθύπατος αφαίρεσε τις σανίδες στις οποίες είχε αποτυπώσει την τέχνη του ο Πολύγνωτος από τη Θάσο.» (Επιστ. 135)

Εκτός από τις ζωγραφικές παραστάσεις υπήρχαν και άλλα ενθύμια στρατιωτικών νικών των Αθηναίων τα οποία επίσης είδε ο Παυσανίας: «Στην Ποικίλη υπάρχουν ακόμη χάλκινες ασπίδες, ορισμένες από τις οποίες, σύμφωνα με την επιγραφή που φέρουν, προέρχονται από τους Σκιωναίους και τους συμμάχους τους. Άλλες, που έχουν αλειφτεί με πίσσα για να μην τις καταστρέψει ο χρόνος και η σκουριά, λέγεται ότι προέρχονται από τους Λακεδαιμονίους που αιχμαλωτίστηκαν στη νήσο Σφακτηρία.» (1.15.5) Η μάχη της Σφακτηρίας στην Πύλο το 425/4 π.Χ. υπήρξε μια από τις σημαντικότερες αθηναϊκές επιτυχίες στον Πελοποννησιακό πόλεμο, ενώ την ιδιαίτερη σημασία που είχαν τα συγκεκριμένα λάφυρα για το γόητρο της Αθήνας μπορούμε ίσως να την κατανοήσουμε διαβάζοντας το σχόλιο του Θουκυδίδη για την μάχη: «Από όλα όσα συνέβησαν στον πόλεμο, τίποτα δεν εξέπληξε τους Έλληνες όσο αυτό. Γιατί πίστευαν ότι ούτε η πείνα, ούτε καμιά άλλη δύναμη θα ανάγκαζε τους Λακεδαιμονίους να παραδώσουν τα όπλα τους, αλλά ότι αυτοί θα συνέχιζαν να μάχονται όπως μπορούσαν και θα πέθαιναν με τα όπλα στα χέρια.» (4, 40, 1)

Κατά την διάρκεια των ανασκαφών μια ασπίδα, λάφυρο των Αθηναίων από τη μάχη, εντοπίστηκε σε δεξαμενή που είχε σφραγιστεί τον 3ο αι. π.Χ. και μολονότι δεν περιλαμβανόταν στην ομάδα των ασπίδων που είδε ο Παυσανίας, είναι βέβαιο ότι προέρχεται από το ίδιο σύνολο. Αυτό φανερώνει η στικτή επιγραφή που φέρει στην κύρια όψη της: Αθηναίοι από Λακεδαιμονίων εκ Πύλο.

Η Ποικίλη Στοά είχε πολλές χρήσεις. Ήταν για τους Αθηναίους τόπος συνάντησης, ξεκούρασης, αλλά χρησιμοποιούνταν και για επίσημες εκδηλώσεις, όπως συνεδριάσεις δικαστηρίων. Ο Δημοσθένης μνημονεύει μια δίκη που έγινε εκεί, ενώ οι επιγραφές του 4ου αι. π.Χ. αναφέρονται σε συνεδριάσεις σώματος 501 δικαστών μέσα στην στοά. Παράλληλα με τη χρησιμοποίησή του από τους παραπάνω επίσημους φορείς, το κτίριο χρησιμοποιούνταν ελεύθερα από τον απλό κόσμο, αλλά και διάφορους επαγγελματίες όπως, θαυματοποιούς, ταχυδακτυλουργούς, ζητιάνους, και ψαράδες. Τακτικοί επισκέπτες της στοάς ήταν και οι φιλόσοφοι, οι οποίοι έρχονταν σε διαλεκτική επαφή με το πολυάριθμο κοινό που πάντα βρισκόταν εκεί.

Υπάρχουν μαρτυρίες σύμφωνα με τις οποίες στην στοά δίδασκαν Kυνικοί, αλλά και εκπρόσωποι άλλων φιλοσοφικών σχολών. Ξεχωριστή θέση στην ιστορία του κτιρίου έχει το φιλοσοφικό κίνημα του Ζήνωνα από το Κίτιο της Κύπρου. Γύρω στο 300 π.Χ. ο Ζήνων συναντούσε στην Ποικίλη Στοά τόσο συχνά τους οπαδούς του, ώστε οι τελευταίοι πήραν το όνομά τους από το συγκεκριμένο οικοδόμημα. Ο Διογένης ο Λαέρτιος, συγγραφέας του 3ου αι. μ.Χ., αναφέρει: «(Ο Ζήνων) συνήθιζε να δίνει τις διαλέξεις του στην Ποικίλη Στοά, η οποία ονομαζόταν και Πεισιανάκτειος, αλλά πήρε το όνομα Ποικίλη από τις ζωγραφιές του Πολύγνωτου (…)Οι άνθρωποι έρχονταν εδώ για να τον ακούσουν και για τον λόγο αυτό ονομάστηκαν στωικοί». (7.1.5) Η ίδια ερμηνεία για την ονομασία της σχολής των Στωικών αναπαράγεται και στο Λεξικό Σούδα (Σουΐδα), στο λήμμα Ζήνων.

Την ίδια περίοδο, και πολύ κοντά στην δυτική πλευρά του κτιρίου, χτίστηκε μια μνημειώδης πύλη, από την οποία περνούσε ένας δρόμος-διακλάδωση της Οδού των Παναθηναίων με κατεύθυνση προς τα βορειοδυτικά. Σύμφωνα με τον Παυσανία την κορυφή της κοσμούσε ένας χάλκινος ανδριάντας έφιππου νικητή κάποιας ιππομαχίας: «Προχωρώντας κανείς προς τη Στοά, την οποία ονομάζουν Ποικίλη από τις ζωγραφιές, υπάρχει ένας χάλκινος Ερμής Αγοραίος και κοντά μία πύλη, πάνω στην οποία οι Αθηναίοι είχαν στήσει τρόπαιο ιππομαχίας έφιππου άνδρα» (1. 15. 1-2)