Νεοπλατωνικός φιλόσοφος, ο οποίος κατείχε τη δημόσια έδρα της φιλοσοφίας στην Αλεξάνδρεια κατά τις τελευταίες δεκαετίες του 5ου και κατά τις πρώτες δεκαετίες του 6ου αιώνα μ.Χ. Το υπομνηματιστικό έργο του, όπως καταγράφηκε και εκδόθηκε κυρίως από τους μαθητές του, υπήρξε πολύ μεγάλο. Η εξηγητική μέθοδός του και η φιλοσοφική ερμηνεία του, η οποία επιδίωκε να αναδείξει τον θεολογικό χαρακτήρα της φυσικής του Αριστοτέλη και να εδραιώσει τη συμφωνία του τελευταίου με τον Πλάτωνα, υπήρξαν κυρίαρχες κατά το τέλος της Ύστερης Αρχαιότητας.

Ο Αμμώνιος ήταν γιος του φιλοσόφου

Ερμεία, ο οποίος δίδαξε φιλοσοφία στη δημόσια έδρα της Αλεξάνδρειας (βλ.

Η νεοπλατωνική σχολή της Αλεξάνδρειας) και της Αιδεσίας, συγγενούς του Πλατωνικού διαδόχου

Συριανού(βλ.

Η νεοπλατωνική σχολή της Αθήνας). Γεννήθηκε γύρω στο 440 στην Αλεξάνδρεια και αργότερα, αφού ο Ερμείας είχε αποβιώσει και με την προτροπή της μητέρας του, φοίτησε κοντά στον Πλατωνικό διάδοχο

Πρόκλο στην Αθήνα (όπως ο πατέρας του είχε αντιστοίχως φοιτήσει κοντά στον Συριανό), προτού επιστρέψει στην Αλεξάνδρεια για να αναλάβει τη δημόσια έδρα της φιλοσοφίας. Ο Πλατωνικός διάδοχος

Δαμάσκιος, ο οποίος φοίτησε για κάποιο χρονικό διάστημα κοντά στον Αμμώνιο και στον αδερφό του Ηλιόδωρο, τονίζει την ευφυΐα και τη φιλομάθεια του Αμμωνίου και αναφέρει ότι διέφερε κατά πολύ από τους συγχρόνους του ως προς τη γνώση τόσο της φιλοσοφίας όσο και των μαθηματικών. Αναφέρεται ότι ο Αμμώνιος δίδαξε στον Δαμάσκιο και αστρονομία, ενώ ο

Σιμπλίκιος, ο οποίος υπήρξε μαθητής και των δύο φιλοσόφων, μνημονεύει τη χρήση του αστρολάβου την οποία έκανε κάποτε ενώπιον του στην Αλεξάνδρεια ο Αμμώνιος. Το έτος θανάτου του μπορεί εύλογα να τοποθετηθεί πριν το 517, έτος κατά το οποίο ο μαθητής του Αμμωνίου

Ιωάννης Φιλόπονος έκανε στην Αλεξάνδρεια τις δημόσιες διαλέξεις του σχετικά με το τέταρτο βιβλίο της Φυσικής ακροάσεως του Αριστοτέλη, στις οποίες επικρίνει την ερμηνεία του δασκάλου του κατά τρόπο που δύσκολα μπορούμε να φανταστούμε ότι θα τολμούσε, αν ο Αμμώνιος βρισκόταν ακόμη εν ζωή.

Το σωζόμενο έργο του Αμμωνίου αφορά σχεδόν αποκλειστικά στον

Αριστοτέλη. Ο ίδιος εξέδωσε μόνο το Υπόμνημά του στο Περί ερμηνείας του Σταγειρίτη, πολλές όμως διαλέξεις του δημοσιεύθηκαν από μαθητές του (σχόλια ἀπὸ φωνῆς ή σχολικαὶ ἀποσημειώσεις). Από μαθητές του Αμμωνίου που δεν κατονομάζονται δημοσιεύθηκαν τα Υπομνήματά του στην Εισαγωγή του

Πορφυρίου, στις Κατηγορίες και σε ένα μέρος των Αναλυτικών Προτέρων του Αριστοτέλη, ενώ από τον μαθητή του Ασκληπιό Τραλλιανό εκδόθηκε το Υπόμνημα του Αμμωνίου στα Μετά τα φυσικά του Αριστοτέλη. Ο χριστιανός Ιωάννης Φιλόπονος επιμελήθηκε μεγάλο μέρος του αριστοτελικού έργου του δασκάλου του, απομακρυνόμενος σταδιακά από την ερμηνεία του• ο Φιλόπονος κατονομάζεται ως εκδότης των Υπομνημάτων του Αμμωνίου στα Αναλυτικά Πρότερα και στα Αναλυτικά Ύστερα, στα δύο πρώτα βιβλία της Φυσικής ακροάσεως, στο Περί γενέσεως και φθοράς και στα δύο πρώτα βιβλία του Περί ψυχής.

Παρότι το σωζόμενο εξηγητικό έργο του Αμμωνίου αφορά στον Αριστοτέλη, φαίνεται ότι ο Αμμώνιος δίδαξε συστηματικά και τους πλατωνικούς διαλόγους. Αναφέρεται ότι ο Δαμάσκιος υπήρξε ακροατής των πλατωνικών διαλέξεων του Αμμωνίου, ενώ στο Υπόμνημα στα Μετά τα φυσικά μνημονεύεται η ἐξήγησίς του στον

Θεαίτητο. Κατά παρόμοιο τρόπο, το Υπόμνημα στα Αναλυτικά ύστερα κάνει μνεία σε Υπόμνημα του Αμμωνίου στον

Φαίδωνα,ενώ ο

Ολυμπιόδωρος, απόγονος του Αμμωνίου ο οποίος ανέλαβε αργότερα την έδρα της φιλοσοφίας στην Αλεξάνδρεια, αναφέρει ότι είχε ακούσει τις διαλέξεις του Αμμωνίου σχετικά με τον πλατωνικό

Γοργία. 

Προκειμένου να λύσει θεολογικά ερμηνευτικά ζητήματα, ο Αμμώνιος συνέταξε επίσης μονοβίβλους, οι οποίες, παρότι δεν σώζονται, μαρτυρούνται από τον Ολυμπιόδωρο και τον Σιμπλίκιο. Με μια τέτοια μονόβιβλον ο Αμμώνιος αντέκρουσε τη θέση παλαιότερων σκεπτικών Ακαδημεικών ότι ο Πλάτων αμφιβάλλει για την αθανασία της ψυχής στον Φαίδωνα 69d, ενώ με μια επίσης χωριστή πραγματεία ανέλαβε να δείξει, κυρίως κατά του Περιπατητικού εξηγητή Αλεξάνδρου Αφροδισιέως (2ος αι. μ. Χ.), ότι ο νοῦς σύμφωνα με τον Αριστοτέλη δεν είναι μόνο το τελικό αίτιο του σύμπαντος αλλά και το ποιητικό. Και οι δύο αυτές μονόβιβλοι φαίνεται ότι υπηρετούσαν το αίτημα της συμφωνίας της ελληνικής φιλοσοφικής παράδοσης και, ειδικότερα, της συμφωνίας του Αριστοτέλη με τον Πλάτωνα, την οποία ο Αμμώνιος πρόβαλλε συστηματικά με το έργο του.

Ο Αμμώνιος επιχειρεί να εδραιώσει την καθολική συμφωνία της φιλοσοφίας του Αριστοτέλη με τη φιλοσοφία του Πλάτωνα. Εξελίσσει με τον τρόπο αυτό την προγενέστερη άποψη του Πορφυρίου, την οποία φαίνεται ότι ακολούθησαν στην Αθήνα ο Συριανός και ο Πρόκλος, ότι μόνο ένα μέρος της φιλοσοφίας του Σταγειρίτη συμφωνεί με το πλατωνικό έργο και ως εκ τούτου είναι χρήσιμο για την κατανόησή του. Υποστηρίζοντας ότι όταν ο Αριστοτέλης ασκεί κριτική στον Πλάτωνα δεν απευθύνεται στον ίδιο τον φιλόσοφο αλλά σε όσους παρερμηνεύουν το πλατωνικό κείμενο, ο Αμμώνιος αποσοβεί τη συχνή διαφωνία του Σταγειρίτη με τον δάσκαλό του. Την ερμηνεία αυτή της αριστοτελικής κριτικής επέκρινε ο Φιλόπονος, ενώ υιοθέτησε και ανέπτυξε περαιτέρω ο Σιμπλίκιος. Ο Σιμπλίκιος δανείζεται επίσης από τον Αμμώνιο τη θεολογική ανάγνωση της φυσικής του Αριστοτέλη, σύμφωνα με την οποία το «πρώτον κινούν ακίνητον» ταυτίζεται με το ποιητικό αίτιο του σύμπαντος (βλ. κειμενικές πηγές 1). Στον Αμμώνιο οφείλεται, τέλος, η διάκριση μεταξύ θεολογικής φυσικής, η οποία αντιστοιχεί στη φυσική του πλατωνικού Τιμαίου, και φυσικής θεολογίας, η οποία αναπτύσσεται στα αριστοτελικά Μετά τα φυσικά• με τη διάκριση αυτή δηλώνεται για μια ακόμη φορά ο συμβατός και συμπληρωματικός χαρακτήρας της προσέγγισης των δύο φιλοσόφων (βλ. κειμενικές πηγές 2).

Ο Αμμώνιος είναι επίσης αυτός που καθιέρωσε τη μέθοδο της «διπλής εξηγήσεως» ( 

) κατά τη διδακτική πράξη, την οποία ακολούθησαν οι μαθητές του Ιωάννης Φιλόπονος και Ολυμπιόδωρος, καθώς και η τελευταία γενιά Αλεξανδρινών υπομνηματιστών (Στέφανος, Ηλίας, Δαυίδ).