To 399 π.Χ. ο Σωκράτης καταδικάζεται σε θάνατο για ασέβεια και διαφθορά των νέων. Η δίκη του καταγράφεται ως μια μελανή σελίδα της δημοκρατίας, αφού σημαίνει την εκτέλεση ενός φιλοσόφου, όχι για τις πράξεις αλλά για τις ιδέες του.

Η δίκη του Σωκράτη είναι ίσως το μόνο ιστορικό γεγονός της ζωής του για το οποίο έχουμε απόλυτη βεβαιότητα. Είναι και το γεγονός που, σύμφωνα με την 7^η Επιστολή, πυροδοτεί την επιθυμία του Πλάτωνα να ασχοληθεί με τη φιλοσοφία, τόσο από απέχθεια για τα κοινά όπως τα έζησε, όσο και από την ελπίδα που τότε γεννήθηκε μέσα του για μια αλλαγή πλεύσης, στην οποία η πόλη θα οδηγηθεί μόνο αν βασιλεύσουν οι φιλόσοφοι ή φιλοσοφήσουν οι βασιλείς. Ως προς την πρόσληψη αυτού του ιστορικού γεγονότος, ιδιαίτερη σημασία έχει η δίκη για την κριτική της δημοκρατίας, μια που μοιραία οδηγεί στο ερώτημα: «Πώς το δημοκρατικό πολίτευμα, με την αξία που αναγνώριζε στην παρρησία, επέτρεψε την καταδικαστική απόφαση ενός φιλοσόφου σαν τον Σωκράτη;». Επιπλέον, στο μέτρο που για τον Πλάτωνα είχε σημασία να δείξει πως τόσο ο ίδιος όσο και ο δάσκαλός του εγγράφονταν σε μια παράδοση που στόχο της είχε να υπηρετήσει την αλήθεια, η δίκη του Σωκράτη σταδιακά λειτουργεί ως πρόκληση για τη διάκριση της φιλοσοφίας από τη ρητορική και τη σοφιστική.

Ο Σωκράτης καταδικάστηκε το 399, κατά οριακή πλειοψηφία, από ένα σώμα 501 δικαστών, οι οποίοι είχαν κληρωθεί, ανάμεσα σε πολίτες που είχαν ζητήσει να συμπεριληφθούν στην κλήρωση, εφόσον είχαν συμπληρώσει το τριακοστό έτος της ηλικίας τους.

Κύριος κατήγορος ήταν ο Μέλητος, νέος και άγνωστος κατά τη μαρτυρία του Πλάτωνα (Ευθύφρων 2b8). Ο Μέλητος απήγγειλε κατηγορία εναντίον του Σωκράτη ενώπιον του Άρχοντα Βασιλέα, της αρμόδιας αρχής για την εκδίκαση υποθέσεων ασέβειας και ανθρωποκτονίας. Aπό το γεγονός αυτό συνάγουμε ότι η κατηγορία που απαγγέλθηκε εναντίον του Σωκράτη ήταν πράγματι γραφή ασεβείας.

Με τον Μέλητο συντάχθηκαν ως συνήγοροι στη δίκη δύο ακόμη πρόσωπα, ο Άνυτος και ο Λύκων. Καθώς η ασέβεια αφορούσε την παράλειψη καθηκόντων που συνδέονταν με τη δημόσια λατρεία των θεών, φαίνεται ότι οποιοσδήποτε πολίτης μπορούσε να προσθέσει το όνομά του στην κατηγορία.

Ο Άνυτος, που την ίδια χρονιά συμμετείχε ως μάρτυρας και σε μια άλλη δίκη ασεβείας, εκείνη του Ανδοκίδη, ήταν οπωσδήποτε ο πλέον επιφανής από τους κατηγόρους. Έχοντας αποκτήσει σημαντική περιουσία, είχε εκλεγεί στρατηγός και κατηγορηθεί για την αποτυχία του να ανακτήσει την Πύλο από τους Σπαρτιάτες. Αθωώθηκε ύστερα από δωροδοκία του δικαστηρίου, το 404 αρχικά υποστήριξε τους Τριάκοντα, στη συνέχεια, ωστόσο, πέρασε με το μέρος των εξόριστων δημοκρατικών, γεγονός που του εξασφάλισε αναγνώριση ύστερα από την παλινόρθωση του 403. Για τον Λύκωνα, οι πληροφορίες μας είναι ελάχιστες.

Τόσο η ταυτότητα των κατηγόρων, όσο και το γεγονός ότι ύστερα από την αποκατάσταση της δημοκρατίας είχε δοθεί πολιτική αμνηστεία για ζητήματα που συνδέονταν με την τυραννία των Τριάκοντα, έχει οδηγήσει στη διαδεδομένη υπόθεση ότι η ασέβεια ήταν το πρόσχημα πίσω από το οποίο οι Αθηναίοι ήθελαν να καταδικάσουν την πολιτική στάση ή τις θέσεις του Σωκράτη. Παρόμοια κίνητρα εντοπίζονται συχνά και πίσω από άλλες δίκες ασεβείας. Χωρίς να πρέπει να αποκλειστεί ένα στοιχείο θρησκευτικού φονταμενταλισμού που ενδεχομένως να ενισχύεται από το σκάνδαλο των Ερμοκοπιδών, οι περισσότεροι μελετητές θεωρούν πως η μεταγενέστερη τάση να τονιστεί το πρόβλημα της αθεϊας για την εποχή που μας ενδιαφέρει έχει μάλλον περιορισμένη ιστορική βάση. 

Σε κάθε περίπτωση, αυτό που πρέπει να ενοχλούσε τους Αθηναίους σε σχέση με τον Σωκράτη δεν ήταν συγκεκριμένες πράξεις (γιατί τέτοιες δεν καταγράφονται) αλλά μάλλον το περιεχόμενο της διδασκαλίας του και η συναναστροφή του, και επομένως η επίδρασή του ως δασκάλου σε άλλους, οι οποίοι είχαν πράγματι έμπρακτα βλάψει τη δημοκρατία, καθώς τόσο ο Χαρμίδης και ο Κριτίας και κυρίως ο Αλκιβιάδης, συνιστούσαν απειλή για το πολίτευμα.  

Η επίσημη κατηγορία μας σώζεται από τον Διογένη Λαέρτιο, ο οποίος δηλώνει ως πηγή του τον Φαβωρίνο (δεύτερος αιώνας μ.Χ.), που με τη σειρά του δηλώνει ότι επί των ημερών του μπορούσε κανείς να τη δει ακόμη στο Μητρώο:ἀνακεῖται γὰρ ἔτι καὶ νῦν, φησὶ Φαβωρῖνος (FHG III. 578), ἐν τῷ Μητρῴῳ· “τάδε ἐγράψατο καὶ ἀντωμόσατο Μέλητος Μελήτου Πιτθεὺς Σωκράτει Σωφρονίσκου Ἀλωπεκῆθεν· ἀδικεῖ Σωκράτης, οὓς μὲν ἡ πόλις νομίζει θεοὺς οὐ νομίζων, ἕτερα δὲ καινὰ δαιμόνια εἰσηγούμενος· ἀδικεῖ δὲ καὶ τοὺς νέους διαφθείρων. Τίμημα θάνατος. 2.40.3-7

Ύστερα από την προκαταρκτική ακρόαση του Μέλητου και του Σωκράτη, ο Βασιλεύς παρέπεμψε το ζήτημα στο δικαστήριο. Σύμφωνα με τη διαδικασία, προηγήθηκε ο λόγος του Μέλητου, ο οποίος παραχώρησε μέρος του δικού του χρόνου στους δύο άλλους κατήγορους. Ίσος χρόνος δόθηκε και στον Σωκράτη, ο οποίος, σύμφωνα με μια μαρτυρία, δεν δέχτηκε την προσφορά του ρήτορα Λυσία (Διογένης Λαέρτιος 2.40.7) και προτίμησε να υπερασπιστεί μόνος του τον εαυτό του. Από τον Κρίτωνα 52c3-6 μαθαίνουμε ότι, σύμφωνα με τη νομοθεσία, ο Σωκράτης είχε δικαίωμα να προτιμήσει την εθελούσια εξορία από την ποινή που θα του όριζε το δικαστήριο, αλλά παρόλα αυτά προτίμησε να κριθεί.

Η αξιοποίηση των διαλόγων του Πλάτωνα ως ιστορικής πηγής πρέπει να γίνεται με επιφύλαξη. Aκολουθώντας ωστόσο μια αντίστροφη πορεία, είναι ενδιαφέρον να επισημάνει κανείς τους τρόπους με τους οποίους η ιστορία της δίκης αξιοποιείται και δίνει ζωή στις φιλοσοφικές και λογοτεχνικές συνθέσεις των διαλόγων. Αυτού του είδους η αξιοποίηση γίνεται σε μια σειρά από διαλόγους, οι οποίοι χρησιμοποιούν την ιστορία της δίκης ως εισαγωγή σε φιλοσοφικά ερωτήματα.

Έτσι, στον Κρίτωνα παρουσιάζονται τα επιχειρήματα που κατά τον Πλάτωνα εξηγούν την επιλογή του Σωκράτη να μη δραπετεύσει· ο δραματικός χρόνος του Ευθύφρονα τοποθετεί τον διάλογο στη βασίλειο στοά αμέσως προτού παρουσιαστεί ο Σωκράτης για την προκαταρτική ακρόαση, και χρησιμοποιεί αυτή την ιστορική συγκυρία ως το πλαίσιο μιας συζήτησης με έναν τυπικά αρμόδιο (ο Ευθύφρων θεωρείται μάντης) γύρω από το πραγματικό νόημα της ευσέβειας· εξάλλου, πολλοί είναι οι διάλογοι στους οποίους ανακύπτει το ζήτημα της ορθής κρίσης των δικαστών και της λειτουργίας των δικαστηρίων στην Αθηναϊκή Δημοκρατία (με κορυφαίο επεισόδιο τον έλεγχο του Μέλητου στην Απολογία).

Ιδιαίτερα ενδιαφέρουσες νύξεις στο θέμα της εισαγωγής καινών δαιμονίων από τον Σωκράτη μπορεί κανείς να εντοπίσει σε πολύ γνωστά σημεία του πλατωνικού έργου, όπως είναι η αρχή της Πολιτείας, όπου γίνεται ιδιαίτερη αναφορά στην εισαγωγή της λατρείας μιας καινούργιας, θρακικής θεότητας από τους ίδιους τους Αθηναίους, και το τέλος του Φαίδωνα, όπου ο Σωκράτης αφήνει την τελευταία του πνοή προτρέποντας τους μαθητές του να κάνουν μια θυσία σε έναν άλλο θεό που πρόσφατα έχει εισαχθεί στην Αθήνα, τον Ασκληπιό.