Ο τρίτος Σχολάρχης της Ακαδημίας (339-314 π.Χ.), μετά τον Πλάτωνα και τον Σπεύσιππο, με ευρύτατο έργο σε όλους τους κλάδους της φιλοσοφίας, που δυστυχώς δεν έχει διασωθεί.Επιχείρησε την οργανική σύνδεση του πλατωνισμού με τον πυθαγορισμό.

Από τα στοιχεία που μας δίνει ο Διογένης Λαέρτιος (ΒίοιIV, 14) προκύπτει ότι ο Ξενοκράτης γεννήθηκε το 396 π.Χ. στη Χαλκηδόνα της Προποντίδας και ότι μετοίκισε στην Αθήνα σε νεαρή ηλικία, οπότε και εισήλθε στον πλατωνικό κύκλο. Ακολούθησε τον Πλάτωνα στην Σικελία, μάλλον στο δεύτερο ταξίδι του το 367. Το 339 διαδέχθηκε τον Σπεύσιππο στην ηγεσία της Ακαδημίας, θέση την οποία κράτησε μέχρι τον θάνατό του το 314 π.Χ., οπότε τον διαδέχθηκε ο Πολέμων.

Όλες οι ανεκδοτολογικές μαρτυρίες που διαθέτουμε για τον Ξενοκράτη τονίζουν τη παραδειγματική του εγκράτεια και τον λιτό τρόπο ζωής του. Οι Αθηναίοι πρέπει να τον εκτιμούσαν ιδιαίτερα, αφού, αν και μέτοικος, συμπεριλήφθηκε στην επίσημη διπλωματική αποστολή στον ηγεμόνα της Μακεδονίας Αντίπατρο, μετά την ήττα της Αθήνας στον Λαμιακό πόλεμο το 322 π.Χ.

Ο Ξενοκράτης υπήρξε πολυγραφότατος, αν κρίνουμε από τον πίνακα των 76 έργων του που μας παραδίδει ο Διογένης Λαέρτιος. Οι τίτλοι των έργων του (γιατί το περιεχόμενό τους δεν το γνωρίζουμε) μαρτυρούν ένα μεγάλο εύρος ενδιαφερόντων, ανάλογο με το αντίστοιχο του Αριστοτέλη. Έγραψε κατά κύριο λόγο πραγματείες∙ απέφυγε δηλαδή τους διαλόγους, ίσως γιατί του έλειπαν τα εκφραστικά χαρίσματα – κάτι τέτοιο διαφαίνεται και από την υποτιθέμενη προτροπή του Πλάτωνα στον Ξενοκράτη να «θυσιάσει στις Χάριτες» (Διογένης, Βίοι ΙV, 6).

Κατά τον Σέξτο Εμπειρικό (Κατά λογ. Ι 16), ο Ξενοκράτης ήταν ο πρώτος που καθιέρωσε τη τριμερή διάκριση της φιλοσοφίας σε Φυσική, Ηθική και Λογική.Ως πιστός πλατωνικός, πάντως, ο Ξενοκράτης είναι λογικό να ξεκινά από τη θεωρία του όντος, που στην τριμερή διάκριση δεν θα μπορούσε να περιληφθεί παρά στη Φυσική.

Όπως ο Σπεύσιππος, έτσι και ο Ξενοκράτης θεμελιώνει την οντολογία του στις δύο πλατωνικές αρχές των «αγράφων δογμάτων»: το Ένα και την Αόριστο Δυάδα. Δεν γνωρίζουμε ποιο όνομα χρησιμοποιούσε για τη δεύτερη αρχή, την αρχή της πολλαπλότητας, δεν αποκλείεται όμως να κράτησε την πλατωνική επονομασία. Πιο σημαντικό είναι το γεγονός ότι την πρώτη αρχή, το Ένα, την ονομάζει και Νου – αντίθετα από τον Σπεύσιππο, αλλά σε συμφωνία με τον Αριστοτέλη του οποίου το πρώτο Κινούν Ακίνητο χαρακτηρίζεται «νόησις νοήσεως» και Θεός. Από τη μείξη του Ενός και της Δυάδος παράγεται η υπέρτατη κατηγορία των όντων, οι Ιδέες και οι αριθμοί. Για την ακρίβεια, ο Ξενοκράτης ταύτιζε τις Ιδέες με τους αριθμούς, όπως μάλλον και ο Πλάτων των «αγράφων δογμάτων». Με ποιους όμως αριθμούς; Τους ειδητικούς αριθμούς του Πλάτωνα ή τους μαθηματικούς αριθμούς; Η γενική πεποίθηση, που μας παραδίδεται από αρκετές πηγές, είναι ότι ο μεν Πλάτων δεχόταν ως ξεχωριστές οντότητες τις Ιδέες και τους μαθηματικούς αριθμούς, ο Σπεύσιππος απέρριψε τις Ιδέες και αποδέχθηκε μόνο τους αριθμούς, ενώ ο Ξενοκράτης ταύτισε τις Ιδέες και τους αριθμούς. Άρα, φαίνεται ότι ο Ξενοκράτης προσπάθησε να διασώσει τις πλατωνικές Ιδέες, μειώνοντας ωστόσο την εμβέλειά τους, αφού απέρριπτε Ιδέες τεχνικών αντικειμένων, αρνητικών όρων, ίσως και ατομικών οντοτήτων, και δεχόταν μόνο Ιδέες «των κατά φύσιν συνεστώτων»∙ και επιπλέον, ως υπέρμαχος του πυθαγορισμού, τοποθέτησε τους αριθμούς στο ανώτατο οντολογικό επίπεδο ταυτίζοντάς τους με τις Ιδέες.

Φαίνεται πως ο Ξενοκράτης είχε καταφέρει να αναπτύξει ένα πλήρες οντολογικό σύστημα, αφού ο Θεόφραστος αναφέρει ότι, από όλη την πυθαγόρεια και την πλατωνική παράδοση, μόνο Ξενοκράτης «τοποθετεί τα πάντα κάπου στην κοσμική τάξη, τόσο τα αισθητά όσο και τα νοητά, δηλαδή τα μαθηματικά, και ακόμη τα θεϊκά πράγματα» (Μετά τα φυσικά 6b6-9).Παρόμοια είναι η στάση του Αριστοτέλη, όταν δηλώνει ότι ο Ξενοκράτης «από τις Ιδέες και τους αριθμούς, που έχουν την ίδια φύση, παρήγαγε τα άλλα πράγματα, τις γραμμές και τα επίπεδα, έως και τη ουσία του ουρανού και τα αισθητά όντα» (Μετά τα φυσικά Η 1028b24-27). Πώς ακριβώς το κατάφερνε αυτό δεν το γνωρίζουμε, κάποιο ρόλο όμως σίγουρα έπαιζαν οι τέσσερις πρώτοι αριθμοί, όπου το 2 είχε ρόλο στην παραγωγή των γραμμών, το 3 στων επιπέδων και το 4 στων στερεών.

Ο Ξενοκράτης θα πρέπει να υιοθετούσε και έναν ιδιότυπο ατομισμό, μαθηματικής φύσης, αφού πολλές πηγές τού αποδίδουν την πεποίθηση για την ύπαρξη «αδιαίρετων» ή «ατόμων» γραμμών. Ίσως να έφθασε στην αντίληψη αυτή από τη διαπίστωση ότι οι γραμμές, που έχουν έκταση, δεν μπορεί να αποτελούνται από σημεία χωρίς έκταση – οπότε με την ίδια λογική ίσως να υπέθεσε ότι υπάρχουν και «άτομα» επίπεδα και «άτομα» στερεά. Ένας τέτοιου τύπου ατομισμός δεν είναι ασυμφιλίωτος με την πλατωνική παράδοση, αφού και ο Πλάτων στον Τίμαιο εξηγούσε τη δημιουργία των υλικών σωμάτων μέσω της αναγωγής τους σε στοιχειώδη τρίγωνα – και γνωρίζουμε ότι ο Ξενοκράτης αντλούσε πολλές πεποιθήσεις του από την ερμηνεία ακριβώς του Τίμαιου.Όσο για τον ξενοκράτειο ορισμό της ψυχής ως «αριθμός που κινεί τον εαυτό του» (Αριστοτέλης, Περί ψυχής404b27-28), ίσως κι αυτός να προήλθε από τον Τίμαιο. Η κοσμική ψυχή, κατά τον Πλάτωνα, έχει δύο διακριτικά χαρακτηριστικά: αφενός γνωρίζει και αφετέρου κινεί. Για να γνωρίζει λοιπόν η ψυχή τα ανώτερα όντα, δηλαδή τους αριθμούς, θα πρέπει να είναι ίδιας φύσης με αυτά, δηλαδή αριθμός∙ και για να προκαλεί κίνηση, θα πρέπει να μπορεί να αυτοκινείται.

Ο Ξενοκράτης επιχείρησε μια πλήρη συστηματοποίηση του πλατωνισμού, οπότε δεν θα μπορούσε παρά να ασχοληθεί και με τη ηθική (αυτό φαίνεται και από τίτλους των χαμένων έργων του). Δεν έχουμε ωστόσο αρκετά στοιχεία για να του αποδώσουμε μια πρωτότυπη ηθική προσέγγιση. Ως πλατωνικός, ο Ξενοκράτης είναι αντίθετος στον ηδονισμό και υπέρμαχος του θεωρητικού βίου και της καλλιέργειας της ψυχής (που την χαρακτήριζε ως «τον δαίμονα» του καθενός).

Ο χαρακτηρισμός της ψυχής ως «δαίμονος» συνδέεται με ένα ιδιότυπο γνώρισμα της σκέψης του Ξενοκράτη. Φαίνεται ότι οι πυθαγόρειες δοξασίες του δεν περιορίζονταν στην ανάδειξη της σημασίας των αριθμών αλλά είχαν και θρησκευτική διάσταση. Αναφέραμε ότι ο Ξενοκράτης ονόμαζε την πρώτη του αρχή «Νου». Ο Αέτιος αναφέρει επιπλέον ότι θεωρούσε το Ένα ως θεό αρσενικό, πατέρα των πάντων, βασιλιά του ουρανού και του απέδιδε τις επονομασίες «Δίας», «Περιττός» και «Νους». Και, από την άλλη, τη Δυάδα ως θηλυκή θεότητα και μητέρα. Θεούς θεωρούσε και τον ουρανό και τα αστέρια, ενώ πίστευε ότι δαίμονες βρίσκονται πίσω και από τις υλικές δυνάμεις στην υποσελήνια σφαίρα. Απέδιδε τη συμβολική ονομασία της «Αθηνάς» στο περιεχόμενο της σκέψης του θείου Νου, του «Άδη», του «Ποσειδώνα» και της «Δήμητρας» στα στοιχεία του αέρα, του νερού και της γης αντιστοίχως. Φαίνεται λοιπόν ότι ο Ξενοκράτης ανέπτυξε μια πολύπλοκη θεολογία ή δαιμονολογία, και ότι θεώρησε ότι ένα κρυπτικό σύστημα συμβολικών ονομάτων αποτελεί όργανο για τη σύλληψη της πραγματικότητας. Στο σημείο αυτό η επίδραση του Ξενοκράτη στον μέσο Πλατωνισμό αλλά και στον Στωικισμό θα πρέπει να υπήρξε αξιοσημείωτη.