Ο Αριστοτέλης επιδίδεται σε μια συστηματική και αυστηρή κριτική της θεωρίας των Ιδεών. Η βασική του αντίρρηση είναι ότι οι Ιδέες, τόσο στην κλασσική τους διατύπωση όσο και στη μαθηματική εκδοχή των αγράφων πλατωνικών δογμάτων, δεν έχουν αυτόνομη οντολογική υπόσταση και δεν μπορούν να εξηγήσουν τη φυσική μεταβολή.

Είναι λογικό να υποθέσουμε ότι ο Αριστοτέλης, όπως όλοι οι μαθητές του Πλάτωνα, πρέπει να μυήθηκε στη φιλοσοφία αποδεχόμενος κάποια εκδοχή της θεωρίας των Ιδεών. Φαίνεται όμως ότι γρήγορα φρόντισε να κρατήσει αποστάσεις από την πλατωνική προσέγγιση. Έτσι εξηγείται γιατί σε κανένα από τα σωζώμενα κείμενά του δεν εμφανίζεται υπέρμαχος των Ιδεών. Ακόμη και σε κείμενα που θεωρούνται πολύ πρώιμα, όπου υιοθετεί το πρώτο πληθυντικό πρόσωπο όταν μιλάει για τους Πλατωνικούς, και πάλι διατυπώνει σοβαρές ενστάσεις για την ύπαρξη και τη λειτουργικότητα των Ιδεών. Είναι άλλωστε αξιοσημείωτο ότι κανείς από τους άμεσους συνεχιστές του Πλάτωνα δεν υπερασπίζεται την ορθόδοξη εκδοχή της θεωρίας των Ιδεών – γεγονός που δείχνει πόσο ανοικτή σε διαφορετικές απόψεις ήταν η σχολή που ίδρυσε ο Πλάτων. Η βασική αντίρρηση του Αριστοτέλη είναι ότι οι Ιδέες δεν μπορούν να αποτελούν ξεχωριστό βασίλειο του ‘Οντος («χωριστά» όντα). Αν δεχτούμε την πλατωνική θέση ότι σε κάθε υπαρκτή αισθητή οντότητα αντιστοιχεί μια αυθύπαρκτη Ιδέα (την οποία «μιμείται» το αισθητό ή στην οποία «μετέχει»), τότε το μόνο που πετυχαίνουμε είναι να «διπλασιάσουμε» τον αισθητό κόσμο, χωρίς να προσθέτουμε τίποτε στην εξήγησή του. Γιατί κατά τον Αριστοτέλη η πλατωνική «μετοχή» δεν είναι παρά κενό γράμμα. Η «υπόθεσις» λοιπόν των Ιδεών είναι περιττή. Για τον Αριστοτέλη το μόνο που υπάρχει είναι οι ατομικές αισθητές οντότητες – τα «καθ’ έκαστα», δηλαδή ο Σωκράτης, ο ‘Ηλιος και η συγκεκριμένη πέτρα. Στη δική του φιλοσοφία οι Ιδέες μετασχηματίζονται σε «μορφές» (ή «είδη»). Η αριστοτελική όμως μορφή δεν είναι οντότητα που εδρεύει σε κάποιο υπερουράνιο τόπο, αλλά είναι το σύνολο των ιδιοτήτων που ορίζουν ένα συγκεκριμένο ον – χωρίς τις οποίες θα έπαυε να είναι αυτό που είναι. Kάθε ατομική οντότητα, κάθε «ουσία», είναι σύνθεση «μορφής»  και «ύλης» (είναι ένα «ένυλο είδος»).

Στο χαμένο σήμερα έργο του Περί Ιδεών ανέπτυσσε ο Αριστοτέλης την αναλυτική κριτική του στις πλατωνικές Ιδέες. Μια σύνοψη αυτής της κριτικής εμπεριέχεται στο εκτεταμένο και δύσβατο 9ο κεφάλαιο του βιβλίου Α των Μετά τα φυσικά. Στο κείμενο όμως αυτό οι Iδέες δεν καταλαμβάνουν το ύψιστο οντολογικό επίπεδο, όπως στους πλατωνικούς διαλόγους. Παρουσιάζονται ως παράγωγες έννοιες ή οντότητες, οι οποίες ανάγονται σε δύο ανώτατες αρχές: στο «εν» και στην «αόριστον δυάδα». Oι Iδέες παράγονται οντολογικά από τη «μέθεξη» της Δυάδας στο Ένα, και ταυτίζονται πλέον με τους ιδεατούς Aριθμούς, μια καινοφανή κατηγορία «χωριστών» και νοητών οντοτήτων, που διατηρούν όλα τα γνωρίσματα των Iδεών έχουν όμως μαθηματική φύση. Οι θέσεις αυτές ανήκουν στα λεγόμενα «άγραφα δόγματα» του Πλάτωνα. Η κριτική του Αριστοτέλη συνοψίζεται στο ακόλουθο χωρίο, όπου το αναφερόμενο «εμείς» περιλαμβάνει τον Πλάτωνα, τους διαδόχους του και τον ίδιο τον Αριστοτέλη. «Στο πιο μεγάλο πρόβλημα φθάνει κανείς αν αναρωτηθεί ποια είναι η συνεισφορά των Iδεών στα αισθητά. Γιατί οι Iδέες σίγουρα δεν αποτελούν αίτια καμιάς κίνησης και καμιάς μεταβολής των αισθητών. Γενικότερα, ενώ η φιλοσοφία αναζητεί το αίτιο των ορατών πραγμάτων, εμείς εγκαταλείψαμε αυτήν την αναζήτηση (αφού δεν λέμε τίποτε για την αιτία της προέλευσης της μεταβολής). Kαι ενώ ισχυριζόμαστε ότι μιλούμε για την ουσία των αισθητών, το μόνο που λέμε είναι ότι κάποιες άλλες ουσίες υπάρχουν, χωρίς όμως να δίνουμε καμία εξήγηση για το πώς οι ουσίες αυτές είναι ουσίες των αισθητών. Γιατί η μετοχή στις Ιδέες, δεν είναι τίποτε. Kαι όσον αφορά το αίτιο που βλέπουμε να είναι βασικό στις επιστήμες, αυτό που κάνει όλον τον νου και όλη τη φύση να δημιουργεί, με αυτή λοιπόν την αιτία που είπαμε ότι είναι μία από τις αρχές, οι Iδέες δεν έχουν καμία σχέση. Aντιθέτως, τα μαθηματικά έχουν γίνει για τους φιλοσόφους του καιρού μας όλη η φιλοσοφία [αλλά γέγονε τα μαθήματα τοις νυν η φιλοσοφία]– μολονότι ισχυρίζονται ότι πρέπει να μελετά κανείς τα μαθηματικά ως μέσο για κάτι άλλο». (Μετά τα φυσικά 991a8-992b1). Η τελευταία πρόταση του κειμένου αναφέρεται στον προπαιδευτικό ρόλο που αποδίδεται στις μαθηματικές επιστήμες στο 7ο βιβλίο της Πολιτείας. Άρα στο κείμενο ενοχοποιείται και ο ίδιος ο Πλάτων, μαζί με τους διαδόχους του. Aυτό που λέει ο Aριστοτέλης στους μαθητές και τους συντρόφους του είναι ότι όλοι «εμείς», ο Πλάτων δηλαδή και ο πλατωνικός κύκλος ως ενιαίο φιλοσοφικό ρεύμα, μολονότι ξεκινήσαμε από σωστή αφετηρία, θεωρώντας ότι στόχος της φιλοσοφίας είναι η εξήγηση των ορατών φαινομένων και τοποθετώντας τα μαθηματικά στην αρμόζουσα θέση, κινδυνεύουμε να καταργήσουμε τη φιλοσοφία ταυτίζοντάς την με τα μαθηματικά. Oι αυτόνομες Iδέες δεν έχουν ουσιαστική εμπλοκή στον φυσικό κόσμο και τις μεταβολές του. Στη μαθηματική μάλιστα εκδοχή της θεωρίας των Iδεών, τα πράγματα επιδεινώνονται. Oι φιλόσοφοι της Aκαδημίας έχουν υποκαταστήσει τη φιλοσοφία με τα μαθηματικά, έχουν παραιτηθεί από τη μελέτη της φύσης, δεν προσπαθούν να προσδιορίσουν τα ποιητικά αίτια των φυσικών μεταβολών, και αδιαφορούν για τον σκοπό (το «τέλος») της φυσικής πραγματικότητας. Ακόμη και η λειτουργία των Iδεών ως ειδικών αιτίων των αισθητών όντων, την οποία ο Aριστοτέλης είναι πρόθυμος να αναγνωρίσει, με τη μετατροπή των Iδεών σε αριθμούς, συσκοτίζεται. Oι αριθμοί για τον Aριστοτέλη μπορούν να ορίζουν μόνο άλλους αριθμούς, και όχι τα αισθητά όντα. Tο συμπέρασμα της ανάλυσης του Aριστοτέλη προκύπτει αβίαστο: «Mε τον τρόπο όμως αυτόν όλη η φυσική έρευνα αναιρείται» (992a8-9). Το τίμημα λοιπόν της ύπαρξης των Ιδεών είναι δυσανάλογο της αξίας τους.

Θα ήταν ωστόσο λάθος να χρεώσουμε στον Αριστοτέλη έναν ακραίο αντιπλατωνισμό. Παρά την έντονη κριτική, σε πάρα πολλά σημεία της φιλοσοφίας του ο Αριστοτέλης ακολουθεί τον Πλάτωνα. Έτσι στην οντολογία του θα διατηρήσει μια τουλάχιστον πλατωνική Ιδέα: το αριστοτελικό Κινούν Ακίνητο είναι καθαρή μορφή απαλλαγμένη από ύλη, χωριστόν από τα αισθητά, νόησις νοήσεως. Και στη γνωσιολογία του, θα ακολουθήσει το πλατωνικό πρόταγμα ότι «επιστήμη» είναι μόνο η σύλληψη του καθολικού, εισάγοντας στο σύστημα του μια σταθερή αντίφαση, αφού, για τον ίδιο, αυτό που υπάρχει δεν είναι το καθολικό αλλά μόνο το «καθ’ έκαστον».