Το πρόγραμμα σπουδών που ακολουθούσαν οι νεοπλατωνικές σχολές στην Αθήνα και την Αλεξάνδρεια κατά τον 5ο και 6ο αιώνα, σύμφωνα με τη σχολαστική κανονικοποίηση των πλατωνικών διαλόγων από τον Ιάμβλιχο.

Στον κύκλο του Πλωτίνου διαβάζονταν και σχολιάζονταν κείμενα όχι μόνον του Πλάτωνα και του Αριστοτέλη αλλά και άλλων μεταγενέστερων φιλοσόφων και υπομνηματιστών. Η δομή του σεμιναρίου ήταν σχετικά χαλαρή. Όπως φαίνεται από τον Βίο Πλωτίνου (13-14) του Πορφύριου, ο Πλωτίνος ζητούσε να διαβαστούν, κατά τη διάρκεια των παραδόσεων, έργα μεσοπλατωνικών και νεοπυθαγόρειων φιλοσόφων καθώς και υπομνήματα αριστοτελιστών. Στη συνέχεια ακολουθούσε συζήτηση. Προς το τέλος του μαθήματος ο Πλωτίνος εξέφραζε την άποψή του για τα επίμαχα ζητήματα που είχαν ανακύψει, με ιδιαίτερη διαύγεια και πνευματική ρώμη. Διέθετε μάλιστα την ικανότητα να συνοψίζει μέσα σε λίγες λέξεις το νόημα μιας βαθυστόχαστης θεωρίας και να κλείνει το σεμινάριο απαντώντας καίρια στις απορίες που είχαν προκληθεί. Κάποιες φορές, μαθητές τον διέκοπταν με τις αντιρρήσεις ή ερωτήσεις τους. Τότε ήταν πρόθυμος να τους λύσει τις απορίες ακόμα και αν χρειαζόταν να επανέλθει στο ίδιο θέμα για δύο ή τρεις συνεχόμενες μέρες. Τα ζητήματα άνοιγαν και έκλειναν ανάλογα με τις ανάγκες των παρευρισκόμενων σπουδαστών χωρίς αυστηρά προδιαγεγραμμένο πρόγραμμα. Με τον Ιάμβλιχο, αντιθέτως, το πρόγραμμα σπουδών απέκτησε προκαθορισμένη δομή και η σειρά μελέτης των αριστοτελικών συγγραμμάτων και των πλατωνικών διαλόγων κανονικοποιήθηκε αυστηρά.

Το πρόγραμμα σπουδών που ακολουθούσαν οι πλατωνικές σχολές της Αθήνας και της Αλεξάνδρειας κατά τον 5ο και 6ο αιώνα βασιζόταν σε μια τριμερή διάκριση. Στη θρησκευτική ορολογία των ελευσινίων μυστηρίων, τα τρία στάδια ήταν: η προπαρασκευαστική κάθαρσις, η φιλοσοφική μύησις και, τέλος, η θεωρητική ἐποπτεία. Ως αρχική προπαρασκευή οι νέοι σπουδαστές διδάσκονταν κείμενα όπως το Εγχειρίδιο του Επίκτητου ή τα (ψευδο-πυθαγόρεια) Χρυσά έπη (τα οποία μας έχουν σωθεί χάρη στο Υπόμνημα του Ιεροκλή, προφανώς γραμμένο για τις διδακτικές ανάγκες της σχολής της Αλεξάνδρειας). Στη συνέχεια, οι σπουδαστές εισάγονταν στην αριστοτελική φιλοσοφία ξεκινώντας από τα λογικά έργα του Οργάνου (Κατηγορίαι, Περὶ ἑρμηνείας, Ἀναλυτικά πρότερα καὶ ὕστερα, κ.λπ.) και φτάνοντας, μέσω διαφόρων ενδιάμεσων σταδίων ηθικής, πολιτικής και φυσικής φιλοσοφίας, μέχρι τα Μετὰ τὰ Φυσικά. Η Εισαγωγή του Πορφύριου εθεωρείτο ως ένας καλός οδηγός εισαγωγής στην αριστοτελική λογική. Γενικά, η μελέτη του Αριστοτέλη προσεγγιζόταν ως προπαιδευτική για την μετάβαση στην πλατωνική σκέψη. Για τον Πρόκλο λέγεται ότι διάβασε και εμπέδωσε, με την καθοδήγηση του δασκάλου του Συριανού, το σύνολο των αριστοτελικών συγγραμμάτων μέσα σε δύο χρόνια (Μαρίνος, Βίος Πρόκλου 13). Οι πλατωνικοί διάλογοι που διδάσκονταν κατόπιν ήταν δώδεκα. Σε αυτούς, περιέργως, δεν περιλαμβάνονταν ούτε η Πολιτεία ούτε οι Νόμοι, προφανώς λόγω της μεγάλης έκτασής τους που δεν τους καθιστούσε πρόσφορους για τη διδακτική διαδικασία. Οι δώδεκα διάλογοι που είχαν επιλεγεί χωρίζονταν σε δύο διακριτούς κύκλους σπουδών, καθένας εκ των οποίων απαρτιζόταν από δέκα και δύο διαλόγους, αντιστοίχως. Στον πρώτο κύκλο, η σπουδή της πλατωνικής φιλοσοφίας ξεκινούσε από την ανάγνωση του Αλκιβιάδη, συνεχιζόταν με τον Γοργία και τον Φαίδωνα και ολοκληρωνόταν με τη μελέτη του Φαίδρου, του Συμποσίου και του Φιλήβου (με αυτήν την σειρά). Στον δεύτερο κύκλο, οι σπουδαστές διδάσκονταν τον κοσμολογικό Τίμαιο και τον θεολογικά ερμηνευμένο Παρμενίδη που αποτελούσε και την αποκορύφωση της πλατωνικής θεωρίας. Οι ιδιαίτερα προικισμένοι και ταλαντούχοι φοιτητές μπορούσαν, αργότερα, να μυηθούν στις συμβολικές ενοράσεις της ορφικής θεολογίας καθώς και στη θεουργική σοφία των Χαλδαϊκών λογίων. Η διάρθωση των πλατωνικών διαλόγων στο πρόγραμμα σπουδών του ύστερου νεοπλατωνισμού απηχούσε την ιαμβλίχεια ιδέα ότι κάθε διάλογος έχει ένα και μοναδικό βασικό στόχο. Με την τελική συστηματοποίηση των ανθρώπινων αρετών σε φυσικές, ηθικές, πολιτικές, καθαρτικές, θεωρητικές, παραδειγματικές και θεουργικές, οι πλατωνικοί διάλογοι αντιστοιχήθηκαν τόσο με είδη αρετών όσο και με την αριστοτελικής προελεύσεως διάκριση των επιστημών σε πρακτικές και θεωρητικές. Οι εξελίξεις αυτές φαίνονται σχηματικά στον παρακάτω πίνακα.