Στο Γυμνάσιο του Λυκείου, στην ανατολική πλευρά της πόλης των Αθηνών, ιδρύθηκε το 335 π.Χ. η σχολή του Αριστοτέλους, ο επονομαζόμενος Περίπατος. Πρόσφατες ανασκαφές οριοθέτησαν οριστικά τον χώρο και τα βασικά κτήρια της Σχολής.

Σύμφωνα με τις γραπτές μαρτυρίες το Λύκειο ήταν μία εκτεταμένη περιοχή, ένα προάστιο των Αθηνών, στην ανατολική πλευρά της πόλης, έξω από τα τείχη (Πλουτ. Σύλλας, 12.3, Τίτος Λίβιος ΧΧΧΙ. 24.48), έξω από τις Πύλες Διοχάρους (Πλατ. 203Α)και κοντά στις πηγές του Ηριδανού (Στράβων, ΙΧ.Ι. 19). Συγκεκριμένα το Λύκειο τοποθετείταιστις νότιες υπώρειεςτου Λυκαβηττού,και έτσι οριοθετείται από τα δύο ποτάμια της Αθήνας, τον Ιλισόκαι τον Ηριδανό.Μέσα στην περιοχή αυτή υπήρχε το ιερό του Λυκείου Απόλλωνος (Παυσαν.1. 19. 3: Λουκ. Ανάχαρσις 7)), με λατρεία πανάρχαια, απόόπου πήρε και το όνομά της. Από τις αναφορές του Ξενοφώντος (Ιππ. 3.1.1.) και του Αριστοφάνους (σχολ. Ειρήνης 353-356) πληροφορούμεθα ότι η περιοχή του Λυκείου, επειδή προφανώς ήταν εκτεταμένη, χρησίμευε ως χώρος εκγύμνασης των ιππέων και των οπλιτών του Αθηναϊκού στρατού.Φαίνεται ότι ο χώρος του Λυκείου χρησίμευε για στρατιωτικούς σκοπούς πριν από την εποχή του Σόλωνος. Η περιοχή αυτή, επειδή αποτελούσε ένα ακόμη ειδυλλιακό προάστιο των Αθηνών, με σκιερά άλση, άφθονα νερά, δίπλα σε ποτάμι, και πλησίον του ιερού του Απόλλωνος, επιλέχθηκε κατά την αρχαϊκή εποχή για την ίδρυση του δεύτερου σε σημασία Γυμνασίου των Αθηνών, αυτού του Λυκείου (Δικαίαρχος 1). Το Γυμνάσιο του Λυκείου ιδρύθηκε για να λειτουργήσει ως τόπος άσκησης των νέων. Όμως, όπως συνέβη και στα άλλα Γυμνάσια, αυτά σταδιακάαπετέλεσαν παράλληλα χώρους συναναστροφής και διαλόγου των νέων με τους λόγιους και φιλοσόφους που σύχναζαν εκεί.Πολλοί δάσκαλοι και σοφιστές δίδασκαν στο Λύκειοήδη από τον 5ο αι. π.Χ.,όπως ο Πρωταγόρας, ο Ευθύδημος, ο Πρόδικος. Αλλά και ο Σωκράτης (Πλάτωνος Λύσις, 204a) φαίνεται ότι επισκεπτόταν καθημερινά το Λύκειο.

Μετά τη μάχη της Χαιρώνειας το 338 π.Χ. και την επικράτηση των Μακεδόνων στη νότια Ελλάδα, ο Αριστοτέλης επιστρέφει στην Αθήνα και ακολουθώντας το πρότυπο του δασκάλου του ιδρύει το 335π.Χ. τη δική του φιλοσοφική σχολή (Διογ. Λαέρτ. 5.2, 5. 9-10). Ως τόπο εγκατάστασης της σχολής του επιλέγει τους χώρους του δεύτερου Αθηναϊκού Γυμνασίου, του Λυκείου. Έτσι η Σχολή του Αριστοτέλους εντάχθηκε στο πολυσύχναστο αυτό γυμνασιακό κέντρο.Ως πρότυπό του έχει την Πλατωνική Ακαδημία. Έτσι το Λύκειο είχε οργανωθεί σε αυτοτελές νομικό πρόσωπο σε ένα θίασο που λειτουργούσε υπό την προστασία των Μουσών. Η παράδοση αναφέρει ότι κατά τις πρωινές ώρες πραγματοποιούντο τα γενικά μαθήματα, που ήταν ανοικτά για το κοινό, ενώ τις απογευματινές ώρες τα μαθήματα προορίζονταν αποκλειστικά για τους μαθητές της σχολής. Επειδή ο Αριστοτέλης ήταν μέτοικος, δεν είχε δικαίωμα να προβεί σε αγορά κτήματος και γι’ αυτό μίσθωσε συγκρότημα οικημάτων του Γυμνασίου για τη λειτουργία της σχολής του.Όπως προκύπτει από τη διαθήκη του Θεοφράστου, η οποία μας έχει παραδοθεί από τον Διογένη τον Λαέρτιο (5, 51-57), στο συγκρότημα αυτό περιλαμβάνονταν ένα ιερό αφιερωμένο στις Μούσες, ο περίπατος, μία μεγάλη και μία μικρή στοά, ένας βωμός, τα αγάλματα του Αριστοτέλους και του Νικομάχου, ο κήπος και οικήματα πλησίον του κήπου για τη διαμονή των μαθητών και των δασκάλων. Η Περιπατητική σχολή, όπως και η αντίστοιχη της Ακαδημίας, απετέλεσαν μεγάλα επιστημονικά κέντρα της αρχαιότητος. Κατά την εποχή της άνθησης του Περιπάτου, τα χρόνια που δίδασκε ο Θεόφραστος, λέγεται ότι η σχολή είχε 2000 μαθητές. Η βιβλιοθήκη της σχολής που συγκροτήθηκε από τον Αριστοτέλη στα πρότυπα της αντίστοιχηςτης Ακαδημίας, αναφέρεται από τον Στράβωνα ( ΧΙΙΙ 1, 54) ως η σημαντικότερη ιδιωτική βιβλιοθήκη της αρχαιότητος. Το 200 π.Χ., όπωςη Ακαδημία έτσι και το Λύκειο, πυρπολείται από τον Φίλιππο τον Ε’της Μακεδονίας (Τίτος Λίβιος 31. 24. 18).Ο Σύλλας το 86 π.Χ. κόβει τα δένδρα του ιερού άλσους του Λυκείου και της Ακαδημίας για να κατασκευάσει πολιορκητικές μηχανές για την πολιορκία του Πειραιά (Πλούτ.Σύλλας 12. 3).

Όλοι οι νεότεροι μελετητές της τοπογραφίας των Αθηνών τοποθετούσαν το Λύκειο στην ανατολική πλευρά της σύγχρονης πόλης. Οι διαφοροποιήσεις που υπήρχαν μεταξύ τους αναφέρονται κυρίως στη θέση των κτισμάτων που σχετίζονται με το Λύκειο και κυρίως με τη θέση του περίφημου Γυμνασίου. Η απάντηση στο ερώτημα που απασχολούσε για χρόνια την αρχαιολογική έρευνα δόθηκε με την σωστική ανασκαφή που διενεργήθηκε το 1996 από τη Γ΄Εφορεία Προιστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων και από την αρχαιολόγο κ. Ευτυχία Λυγκούρη – Τόλια, στο οικόπεδο επί της οδού Ρηγίλλης και μεταξύ του Σαρογλείου (Λέσχη Αξιωματικών) και του Ωδείου των Αθηνών. Συγκεκριμένα αποκαλύφθηκαν τα θεμέλια του βόρειου τμήματος μεγάλου κτηρίου (το αποκαλυφθέν τμήμα καλύπτει έκταση 2,5 στρεμμάτων) που ταυτίστηκεμε την Παλαίστρα που ανήκε στο Γυμνάσιο του Λυκείου. Πρόκειται για ένακτήριο που αποτελείται από μία ορθογωνίου σχήματος αυλή, η οποία περιβάλλεται από στοές. Ανατολικά , δυτικά και βόρεια αναπτύσσονται με αξιοπρόσεκτη συμμετρία και αντιστοιχία ορθογώνιοι χώροι. Ακριβώς στο κέντρο της βόρειας πλευράς ξεχωρίζει για τις διαστάσεις της μια ορθογώνια περίστυλη αίθουσα, στις δύο πλευρές της οποίας αναπτύσσονται συμμετρικοί χώροι. Το βόρειο τμήμα του κτηρίου χρονολογείται στα τέλη του 6ου αι π.Χ., στο οποίο προστέθηκε επέκταση στα Ν, η οποία κατασκευάζεται στα τέλη του4ου αι., αποκτώντας έτσι περισσότερες αίθουσες και χώρους. Το κτήριο σε αυτή τη μορφή υφίσταται επισκευές και μετασκευές κατά τη ρωμαϊκή περίοδο, για να λειτουργήσει ως γυμνάσιο μέχρι τα τέλη του 2ου αι μ.Χ., ενώ το κτήριο ήταν σε χρήση με διαφορετική πιθανόν λειτουργία μέχρι τον 4ο αι μ.Χ. Η Παλαίστρα ήταν προορισμένη για την προπόνηση των αθλητών της πάλης. Υπήρξε το σημαντικότερο κτήριο ενός αρχαίου γυμνασίου, όπωςγνωρίζουμε τόσο από την περιγραφή του ρωμαίου αρχιτέκτονα Βιτρουβίου όσο και από τα αντίστοιχα κτήρια που έχουν διατηρηθεί μέχρι σήμερα. Όμως το πλησιέστερο παράλληλο ως προς τη διάταξη των χώρων της βόρειας πλευράς της Παλαίστρας του Λυκείου, είναι αυτή του άλλου μεγάλου Αθηναϊκού Γυμνασίου, δηλαδή αυτού της Ακαδημίας. Ο Γερμανός καθηγητής W. Hoephnerταύτισε το λεγόμενο Γυμνάσιο της Ακαδημίας με την ίδια τη σχολή του Πλάτωνος λόγω της διαμόρφωσης του βορείου τμήματος του κτηρίου, το οποίο λειτουργούσε ως η βιβλιοθήκη της σχολής. Την ίδια λειτουργία απέδωσε και στην αντίστοιχη κεντρική περίστυλη αίθουσα της βόρειας πλευράς της Παλαίστρας του Γυμνασίου του Λυκείου. Με την ανεύρεση της Παλαίστρας ταυτίζεται για πρώτη φορά η θέση του περίφημου Γυμνασίου του Λυκείου που συνδέεται άμεσα με την Περιπατητική φιλοσοφική σχολή του Αριστοτέλους. Είναι απολύτως βέβαιο ότι το κτήριο της Παλαίστρας που βρισκόταν στη καρδιά του Γυμνασίου του Λυκείου, οι εγκαταστάσεις του οποίου είχαν μισθωθεί για τις ανάγκες της σχολής, θα πρέπει αυτό και οι αίθουσές του να χρησίμευσαν για τη διδασκαλία των νέων και την έρευνα από τον ίδιο τον Αριστοτέλη και τους διαδόχους του. Επί πλέον με την ταύτιση της θέσης του Γυμνασίου του Λυκείου καθορίζονται τελικά τα όρια του εκτεταμένου προαστίου των Αθηνών που ήταν και το μεγάλο ζητούμενο για την τοπογραφία της αρχαίας πόλεως των Αθηνών. Αυτή η κατάφυτη και ειδυλλιακή περιοχή ορίζεται στα δυτικά από το τείχος της πόλεως, έξω από τις πύλες Διοχάρους (τοποθετούνται στη γωνία των οδών Πεντέλης και Απόλλωνος) , στα ΝΔ από το Ολυμπιείο και τα άλλα παριλίσια ιερά, στα νότια από τον Ιλισό και το Παναθηναϊκό Στάδιο και στα βόρεια από τον Λυκαβηττό και τον ποταμό Ηριδανό. Τα ανατολικά όρια του Λυκείου πρέπει να καθορίζονται από το ίδιο το Γυμνάσιο που ιδρύθηκε στις παρυφές αυτής της περιοχής.