Το ζήτημα της αντιθετικής σχέσης Πλάτωνα και Αριστοτέλη και της πρωτοκαθεδρίας του ενός τέθηκε ξανά από τους Βυζαντινούς στοχαστές τον 14ο αιώνα, διακόπτοντας μια μακρά παράδοση αποδοχής της νεοπλατωνικής αντίληψης περί συμφωνίας των δύο φιλοσόφων.

Η σχέση του Πλάτωνα και του Αριστοτέλη, ως των δύο κορυφαίων φιλοσόφων της αρχαιότητας, δεν αποτέλεσε εσωτερικό θέμα της βυζαντινής φιλοσοφίας παρά μόνο κατά τους τελευταίους αιώνες της. Η χρήση των δύο φιλοσόφων από τους (χριστιανούς) Βυζαντινούς δεν ήταν κατ’ ανάγκην αποκλειστική: επιδράσεις, απηχήσεις, αναφορές στο έργο και των δύο ή γενικότερα στην πλατωνική μεταφυσική παράδοση και στην αριστοτελική λογική και φυσική συναντούμε στον ίδιο στοχαστή ή και στο ίδιο έργο. Έτσι, ανά στοχαστή ή ανά περιόδους μπορεί τα θεολογικά, φιλοσοφικά ή επιστημονικά ενδιαφέροντά τους μπορεί να τους έστρεφαν προς τον Πλάτωνα (για τη μεταφυσική, τη μυστική, την φιλοσοφική ψυχολογία, την ηθική) ή τον Αριστοτέλη (για τη λογική, τη φυσική φιλοσοφία και την επιστήμη). Βέβαια, η υιοθέτηση της (νεο)πλατωνικής μεταφυσικής ήταν αυτή που δημιούργησε τα μεγαλύτερα προβλήματα στους φιλοσόφους (λ.χ. Ιωάννης Ιταλός, Πλήθων), το πρόσωπο ή το έργο των οποίων καταδικάστηκε επειδή ο πλατωνισμός τους υπονόμευε τον πυρήνα του χριστιανικού δόγματος.

Ανεξάρτητα από το βάθος της κατανόησης των δύο φιλοσόφων, τον βαθμό της ουσιαστικής επίδρασής τους, την εξωτερική ή πολεμική χρήση ιδεών, μεθόδων και μοτίβων τους, οι Βυζαντινοί δεν στοιχήθηκαν σε αυτό που ονομάζουμε πλατωνισμό ή αριστοτελισμό ως συνεχιστές ή οπαδοί ενός συγκεκριμένου φιλοσοφικού ρεύματος. Αντίθετα, αισθάνονται ελεύθεροι στο πλαίσιο του εκλεκτικισμού τους να επιλέγουν στοιχεία του ενός ή του άλλου ρεύματος, χωρίς να ενδιαφέρονται ερμηνευτικά για τη συνάφειά τους ή για μία συνεκτική ερμηνεία τους, ακόμη και κατά τον σχολιασμό τους (Βυζαντινά σχόλια στον Πλάτωνα, Αντιγραφές πλατωνικών έργων στο Βυζάντιο).

 Επιπλέον, για τους Βυζαντινούς οι δύο φιλόσοφοι εκφράζουν τον ίδιο αρχαίο κόσμο –με ό,τι αυτό σημαίνει, αναλόγως της ιδεολογικής συγκυρίας, για τους παραδοσιοκράτες ή ακόμη και κλασικιστές Βυζαντινούς. Η πρώτη συνάντηση του χριστιανισμού με τη φιλοσοφία ήταν καθοριστική για τη μετέπειτα στάση των Βυζαντινών –ο πλατωνισμός ήταν σχεδόν ταυτισμένος με τη φιλοσοφία και, στη νεοπλατωνική συνέχειά του, είχε ήδη συμπεριλάβει μέσα του από την αριστοτελική φιλοσοφία ό,τι συμφωνούσε ή μπορούσε να παρουσιαστεί πως συμφωνούσε με αυτόν. Οι Βυζαντινοί κληρονόμησαν τη νεοπλατωνική εκτίμηση περί συμφωνίας Πλάτωνα και Αριστοτέλη και διαθέτοντας, σε μεγάλο βαθμό, πρόσβαση στο έργο αμφοτέρων ή και στα σχόλιά του δεν αισθάνθηκαν ποτέ την έκπληξη της πρώτης επαφής με μια φιλοσοφία (αλλά ίσως και τη δημιουργικότητα που επιφέρει αυτή η έκπληξη), η οποία αλλάζει τα ως τώρα δεδομένα –όπως οι Δυτικοί, όταν ανακάλυψαν λ.χ. τον Αριστοτέλη.

Υπό αυτή την έννοια η αναφορά σε πλατωνικούς, και μάλιστα σε αντιπαράθεση με αριστοτελικούς, στο Βυζάντιο είναι παραπλανητική, όπως τέτοια μπορεί να είναι γενικότερα και η ερμηνεία της βυζαντινής φιλοσοφίας μέσα από το σχήμα «πλατωνισμός-αριστοτελισμός».

Κατά την Παλαιολόγεια περίοδο (1260-1453), η επιστημονική και φιλοσοφική κίνηση ανθεί στη φθίνουσα Βυζαντινή Αυτοκρατορία.

Ο Θεόδωρος Μετοχίτης (1270-1332) σχολιάζει πολλά σημεία του πλατωνικού έργου και αφιερώνει στον Πλάτωνα ορισμένα κεφάλαια του έργου του Ὑπομνηματισμοί καὶ σημειώσεις γνωμικαί. Καθώς ασκεί κριτική στην σκόπιμη σκοτεινότητα του Αριστοτέλη, δείχνει την προτίμησή του στον Πλάτωνα και στα μαθηματικά του. Στη διαμάχη του σε ζητήματα αστρονομικά με τον Νικηφόρο Χούμνο (που άσκηση κριτική και στους δύο φιλοσόφους) επικαλείται τον Πλάτωνα.

Ο Νικηφόρος Γρηγοράς (π.1295-1360) επιχειρεί έντονη κριτική σε πολλά σημεία του αριστοτελικού έργου, και ειδικά ως προς τον εμπειρισμό του Σταγειρίτη αντιπαραθέτει την πλατωνική αμφισβήτηση της αισθητηριακής εμπειρίας. Πιθανώς το κίνητρο του Γρηγορά είναι ο αντιδυτικισμός του και η υπονόμευση της προτίμησης των Δυτικών και του Βαρλαάμ Καλαβρού για τον Αριστοτέλη, πάντως είναι εμφανής η προτίμησή του στην ενορατική γνωσιολογία του Πλάτωνα. Αλλά και στην κοσμολογία ο Γρηγοράς, όπως η εποχή του, αντικαθιστά το αριστοτελικό παράδειγμα ερμηνείας από το πλατωνικό-μαθηματικό παράδειγμα, που επιτρέπει και την ερμηνεία του κόσμου ως έκτυπου του αρχέτυπου, στο οποίο παρέχουν πρόσβαση οι μαθηματικές επιστήμες και η μελέτη της τάξης του κόσμου. Στο κοσμολογικό ερώτημα αρχίζει να εμφανίζεται εντονότερη η διαμάχη αριστοτελισμού και πλατωνισμού.

Ο Γρηγόριος Παλαμάς (1296-1359), από τους σημαντικότερους θεολόγους της Ανατολής και πρωταγωνιστής της ησυχαστικής έριδας του 14ου αι., ενώ γνωρίζει και χρησιμοποιεί τον Αριστοτέλη, η μυστική τάση του τον οδηγεί ουσιαστικά εγγύτερα στην (θεωρούμενη συχνά ως πλατωνίζουσα) παράδοση του Διονυσίου Αρεοπαγίτη. Η στόχευσή του είναι θεολογική και δεν ενδιαφέρεται για ιστορικοκριτική αποτίμηση της φιλοσοφίας, αλλά κυρίως να την αξιοποιήσει πολεμικά εναντίον των αντιησυχαστών.

Τον τελευταίο αιώνα του Βυζαντίου, οι Βυζαντινοί στράφηκαν ακόμη πιο προσεκτικά στα ίδια τα αρχαία κείμενα και στα σχόλιά τους, και –επηρεασμένοι αυτοί τώρα από τους Δυτικούς– προέβαλλαν ως κεντρικό φιλοσοφικό ζήτημα τη σχέση του Πλάτωνα με τον Αριστοτέλη και έριζαν για την πρωτοκαθεδρία του ενός ή του άλλου. Οι βυζαντινοί λόγιοι ευρισκόμενοι στην Ιταλία (Έλληνες λόγιοι στην Ιταλία) , ως επισκέπτες (αρχής γενομένης από τη Σύνοδο Φερράρας-Φλωρεντίας) ή ως εμιγκρέδες μετά την Άλωση εμπλούτισαν το ουμανιστικό κίνημα με τις μεταφράσεις, τη διδασκαλία και την εξήγηση των αρχαίων φιλοσοφικών και άλλων κειμένων (Ιταλική Αναγέννηση και Πλατωνισμός), αλλά και μετέφεραν αυτή τη διαμάχη στο ιταλικό έδαφος.

Ο Γεώργιος Γεμιστός (γνωστός ως Πλήθων, (περ. 1360-1454) στο γνωστό έργο του Περὶ ὧν Ἀριστοτέλης πρὸς Πλάτωνα διαφέρεται αναλαμβάνει μια γενική επίθεση εναντίον του Αριστοτέλη καταδεικνύοντας τα σημεία στα οποία αποκλίνει από τη διδασκαλία του Πλάτωνα• και όπου απομακρύνεται, σφάλλει. Ο Πλάτων, στην επηρεασμένη από τον νεοπλατωνισμό ερμηνεία του Πλήθωνα, παρουσιάζεται ως εγγύτερα στον χριστιανισμό –σε μια ανοιχτή και ενίοτε εχθρική σύγκρουση με τον φίλο του Σχολάριο, σύγκρουση που είναι βεβαίως φιλοσοφική, με θεολογική στόχευση και μόλις κρύβει τις αξιώσεις πνευματικής κυριαρχίας των δύο αντιπάλων.

Ο Γεώργιος Σχολάριος (μετέπειτα Πατριάρχης Γεννάδιος Β’, π.1400-π.1472), ορθόδοξος αντιδυτικός θεολόγος και σχολιαστής του Αριστοτέλη με επιδράσεις από τον σχολαστικισμό, αντιτάσσεται δυναμικά στον κατεξοχήν πλατωνικό βυζαντινό φιλόσοφο, τον Πλήθωνα –για να καταλήξει, όχι εύκολα, να δεχθεί να ρίξει τους Νόμους του αντιπάλου του στην πυρά. Θεωρώντας ότι η αριστοτελική σκέψη είναι το καταλληλότερο όχημα για τη χριστιανική θεολογία, επιχειρεί να το αποδείξει με έργα του, που είναι αντιρρητικά προς τον Πλήθωνα και, παράλληλα, διατείνονται ότι ο πλατωνικός στοχασμός είναι υπονομευτικός για την ορθή αντίληψη του θείου. Ο αντιπλατωνισμός του είναι εν μέρει απόρροια του σχολαστικού ‘αριστοτελισμού’ του.

Ο Γεώργιος Τραπεζούντιος (1395-1472/3) εγκαταστάθηκε πολύ νέος στην Ιταλία και έγινε γνωστός ως μεταφραστής του Αριστοτέλη. Το έργο του Comparatio Philosophorum Platonis et Aristotelis είναι η επιτομή του επιθετικού αντιπλατωνισμού των Ελλήνων λογίων της εποχής και γνωστοποίησε στο λατινόφωνο κοινό την ελληνική έριδα. Στη μεριά των Ελλήνων πλατωνικών ξεσήκωσε μεγάλες αντιδράσεις.

Ο μετριοπαθής Βησσαρίων (1403-1472), που προσέφερε κριτικές παρατηρήσεις στη λατινική μετάφραση των Νόμων από τον Τραπεζούντιο, στο εναντίον του πολεμικό έργο Ἔλεγχοι τῶν κατὰ Πλάτωνος βλασφημιῶν εκτός από την κριτική του βρίσκει ευκαιρία να εκθέσει κεντρικές θέσεις της πλατωνικής φιλοσοφίας. Δεν υποτιμά την αξία του Αριστοτέλη αλλά τον εκτιμά συμβατό με τον Πλάτωνα. Γύρω του, και εναντίον του Τραπεζούντιου (άρα για λόγους όχι μόνο φιλοσοφικούς) συντάχθηκαν οι περισσότεροι λόγιοι της διασποράς που έγραψαν υπερασπιστικά ή αντιρρητικά κείμενα, όπως οι Θεόδωρος Γαζής, Ανδρόνικος Κάλλιστος (†1478) και Μιχαήλ Αποστόλης (1422-1478).

Ο ανθρωπιστής Θεόδωρος Γαζής (1398/1400-1475) από τη Θεσσαλονίκη, εγκατεστημένος μετά το 1430 στην Ιταλία, μετέφρασε στα λατινικά έργα του Αριστοτέλη και στο έργο του Περὶ ἑκουσίου καὶ ἀκουσίου επιτέθηκε στον Πλήθωνα και υπερασπίστηκε φιλοσοφικά τον Αριστοτέλη. Ειδικά ως προς το πρόβλημα της αναγκαιότητας, τόνισε ότι δεν υφίσταται αντίθεση, καθώς ο Αριστοτέλης ορθώς θεωρεί ότι η φύση (όπως η τέχνη) ενεργεί πάντοτε προς κάποιον σκοπό, αν και χωρίς νόηση• γι’ αυτό και δεν πράττει.