Βυζαντινός λόγιος και φιλόσοφος, υψηλόβαθμος αξιωματούχος του Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως. Αντέγραψε φιλοσοφικά χειρόγραφα πλατωνικών έργων και ολοκλήρωσε το υπόμνημα του Πρόκλου στον Παρμενίδη. Συνέγραψε εξηγητικά έργα και υπομνήματα, κυρίως στον Αριστοτέλη, συμβάλλοντας αποφασιστικά στην ανάπτυξη των φιλοσοφικών σπουδών κατά τις πρώτες δεκαετίες της Παλαιολόγειας Περιόδου (1261-1453).

Ο Παχυμέρης γεννήθηκε στη Νίκαια το 1242 σε οικογένεια με καταγωγή από την Κωνσταντινούπολη, η οποία επέστρεψε στη Βασιλεύουσα μετά την ανάκτησή της από τον Μιχαήλ Η΄ Παλαιολόγο (1258-1282) το 1261. Σε νεαρή ηλικία χειροτονήθηκε διάκονος στην Αγία Σοφία και ξεκίνησε την καριέρα του ως υπάλληλος του Οικουμενικού Πατριαρχείου (ως νοτάριος του Πατριαρχείου υπήρξε το 1265 μέλος της αντιπροσωπείας που ανακοίνωσε στον Πατριάρχη Αρσένιο Αυτωρειανό, ο οποίος είχε προηγουμένως αφορίσει τον Μιχαήλ Η΄, την απόφαση για την καθαίρεσή του). Από νωρίς ανέλαβε επίσης διδακτικά καθήκοντα στους κόλπους του Πατριαρχείου: πριν από το 1275/1276 είχε γράψει για διδακτικούς σκοπούς σχόλια στην Ιλιάδα του Ομήρου, ενώ στην ίδια περίοδο χρονολογούνται τα πολυάριθμα Προγυμνάσματα και Μελέται του, τα οποία χρησίμευαν στη διδασκαλία της ρητορικής. Έχοντας λάβει πιθανώς το αξίωμα του  , διδασκάλου του Ψαλτήρος έγραψε σχόλια στους Ψαλμούς, ενώ ως ,διδάσκαλος του Αποστόλου υπέγραψε το 1277 το έγγραφο που επικύρωσε τις αποφάσεις της Συνόδου της Λυών (1274) υπέρ της ένωσης της Ανατολικής με τη Δυτική Εκκλησία. Εντούτοις, μετά την αλλαγή εκκλησιαστικής πολιτικής από τον Ανδρόνικο Β΄ Παλαιολόγο (1282-1328), ο Παχυμέρης υπέγραψε το 1285 τον Συνοδικό Τόμο που καταδίκασε τον ενωτικό Πατριάρχη Ιωάννη ΙΑ΄ Βέκκο. Την ίδια περίοδο συνέταξε μια σύντομη αλλά περιεκτική πραγματεία κατά του δυτικού δόγματος περί της εκπορεύσεως του Αγίου Πνεύματος. Ο Παχυμέρης έλαβε σταδιακά υψηλότερα εκκλησιαστικά αξιώματα. Ως  ιερομνήμων * δημοσίευσε παράφραση των έργων του ψευδο-Διονυσίου Αρεοπαγίτη, την οποία αφιέρωσε στον Πατριάρχη Αλεξανδρείας Αθανάσιο Β΄, ενώ πιθανότατα πριν από το 1296 είχε οριστεί   πρωτέκδικος *, αξίωμα το οποίo συνδύαζε με το αυτοκρατορικό λειτούργημα του δικαιοφύλακος*. 

 », ο Παχυμέρης συνέγραψε εκτενές ιστορικό έργο σε 13 βιβλία (Συγγραφικαί ιστορίαι), τα οποία πραγματεύονται τη χρονική περίοδο από το έτος 1255 μέχρι το «παρόν», δηλ. τον Ιούλιο του 1307. Κλείνοντας την ιστορία του, ο Παχυμέρης καταγράφει την υπό εξέλιξη σύγκρουση του ανώτερου κλήρου της Αγίας Σοφίας με τον Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Αθανάσιο Α΄ (1303-1309) στο πλαίσιο της αναμόρφωσης της Εκκλησίας που επιχείρησε ο τελευταίος. Η σύγκρουση κορυφώθηκε με την περικοπή των μισθών των αρχόντων της Εκκλησίας, τους οποίους ο ασκητικός Πατριάρχης έβρισκε τρυφηλούς και ιδιαίτερα απασχολημένους με την κοσμική γραμματεία. Στο έργο του Φιλοσοφία, το οποίο αποτελεί σύνοψη της αριστοτελικής φιλοσοφίας σε 12 βιβλία και χρονολογείται στα 1307/1308, ο Παχυμέρης επιχειρεί να υπερασπισθεί την αξία της φιλοσοφίας κατά της εχθρικής προς την ελληνική παιδεία στάσης του Αθανασίου, τον οποίο χαρακτηρίζει φορέα «κοσμικής αταξίας και συγχύσεως. Ο Παχυμέρης επιδόθηκε στη συνέχεια στη συγγραφή επιμέρους Υπομνημάτων σε πραγματείες του Αριστοτέλη: Όργανον, Φυσική ακρόασις, Μετά τα φυσικά, Ηθικά Νικομάχεια και Περί ζώων μορίων.

Η ακριβής χρονολογία του θανάτου του Παχυμέρη παραμένει άγνωστη• πρέπει όμως να εμπίπτει μεταξύ των ετών 1310-1315.

Παρά την εκτενή ενασχόλησή του με την αριστοτελική φιλοσοφία και το γεγονός ότι αυτοχαρακτηρίζεται στο ιστορικό του έργο οπαδός κυρίως του Αριστοτέλη,ο Παχυμέρης ήταν πολύ καλά εξοικειωμένος με τη φιλοσοφία του Πλάτωνα και με τους νεοπλατωνικούς εξηγητές του. Στην ιστορία του γίνεται εκτενής χρήση των Νόμων , ενώ στην παράφραση των έργων του ψευδο-Διονυσίου δείχνει ιδιαίτερη εξοικείωση με το έργο του Πρόκλου , στον οποίο προσάπτει, αντιστρέφοντας τα ιστορικά συμβάντα (όπως είμαστε σε θέση να γνωρίζουμε σήμερα), σφετερισμό των λόγων του Διονυσίου (βλ. κειμενικές πηγές). Αξίζει να σημειωθεί ότι στον έμμετρο επιτάφιο που συνέθεσε προς τιμή του δασκάλου του, ο μαθητής του Παχυμέρη Μανουήλ Φιλής λέει χαρακτηριστικά ότι «νῦν καὶ σὺ τέθνηκας, ὦ γέρων Πλάτων». 

Ο Παχυμέρης αντλεί από τον Πλάτωνα κυρίως την αντίληψη βάσει της οποίας θεωρεί ότι πρέπει να προσδιοριστεί η αξία και η χρησιμότητα της φιλοσοφίας. Στο προοίμιο του πρώτου βιβλίου της Φιλοσοφίας, δηλώνει ότι «τη φιλοσοφία μάς την έστειλε κάποια θεϊκή μοίρα σαν θεϊκό δώρο, τέτοιο που ούτε έγινε ποτέ ούτε θα ξαναγίνει από τον θεό στους ανθρώπους» («ἡ φιλοσοφία, ὥσπερ τι θεῖον δῶρον καὶ οἷον οὔθ᾿ ἧκεν οὔθ᾿ ἥξει παρὰ θεοῦ τοῖς ἀνθρώποις, ἔν τινι θείᾳ κατεπέμφθη μοίρᾳ»• πρβλ. Τίμαιος 47b1-2: «αντλήσαμε τη φιλοσοφία, το μεγαλύτερο αγαθό που δώρισαν ή θα δωρίσουν ποτέ οι θεοί στους θνητούς ανθρώπους» («ἐπορισάμεθα φιλοσοφίας γένος, οὗ μεῖζον ἀγαθὸν οὔτ’ ἦλθεν οὔτε ἥξει ποτὲ τῷ θνητῷ γένει δωρηθὲν ἐκ θεῶν»), ενώ παραφράζοντας τον Φαίδρο (246b7-c2) επικαλείται στο γενικό προοίμιο του ίδιου έργου «τὸ τῆς ψυχῆς πτερόν» που τρέφεται «ἐκ τοῦ ἐκεῖ λειμῶνος [λειβαδιού] ... ὅπου τὸ θεῖον», το οποίο χαρακτηρίζεται, όπως οι πλατωνικές Ιδέες , «αὐτοκαλὸν καὶ αὐτοσοφὸν καὶ αὐταγαθόν». Ο Παχυμέρης δεν είναι πλατωνικός υπό τη στενή σημασία, αναπτύσσει όμως τον βυζαντινό εκλεκτικισμό έτσι ώστε να συμπεριλάβει τόσο τον Πλάτωνα όσο και τον Αριστοτέλη ως επωφελείς εισηγητές του θεωρητικού βίου και ως επαρκείς εκφραστές της δυνατής αλήθειας πριν από τη χριστιανική Αποκάλυψη. Είναι χαρακτηριστικό ότι, στο Υπόμνημά του στην Φυσικήν ακρόασιν, ο Παχυμέρης ταυτίζει το αριστοτελικό «πρώτον κινούν ακίνητον» με τον λόγο του Αποστόλου Παύλου για τον «μόνον και μακάριον δυνάστην» (1 Τιμ. 6, 15), ενώ κλείνει το έργο με ένα ποίημα 33 εξάμετρων στίχων, το οποίο εμπνέεται από τις επιλογικές προσευχές του εθνικού Σιμπλικίου • το ποίημα εισάγεται ως έπαινος του Αριστοτέλη και μετατρέπεται σε προσωπικό ύμνο του Παχυμέρη προς τον Θεό. 

Από τη γραφίδα του Παχυμέρη προέρχονται δύο χειρόγραφοι κώδικες με πλατωνικό περιεχόμενο : ο Neapolitanus gr. 339 (περιέχει το Υπόμνημα του Πρόκλου στον Αλκιβιάδη Α΄, τον Φαίδωνα , τον Χαρμίδη και τον Λάχη ) και ο Parisinus gr. 1810 (περιέχει τον Ευθύφρονα, τον Κρίτωνα, την Απολογία Σωκράτους, το Υπόμνημα του Ερμεία στον Φαίδρο, το Υπόμνημα του Πρόκλου στον Παρμενίδη, την Πολιτεία και το Συμπόσιο). Για το Υπόμνημα του Ερμεία στον Φαίδρο και το Υπόμνημα του Πρόκλου στον Αλκιβιάδη Α΄ οι κώδικες του Παχυμέρη αποτελούν τα αρχέτυπα της σωζόμενης χειρόγραφης παράδοσης. Στον κωδ. Par. gr. 1810 o Παχυμέρης ολοκλήρωσε επίσης το Υπόμνημα του Πρόκλου στον Παρμενίδη, το οποίο διακόπτεται στο τέλος της πρώτης υπόθεσης του πλατωνικού διαλόγου. Ο Παχυμέρης παρακάμπτει την πρόκλεια διαίρεση του διαλόγου σε εννέα υποθέσεις από τις οποίες προκύπτουν διαφορετικές πολυθεϊστικές δομές, υιοθετεί όμως τη βασική εξηγητική προσέγγιση του νεοπλατωνικού φιλοσόφου, σύμφωνα με την οποία για καθεμία από τις δύο βασικές υποθέσεις (εἰ ἔστι, εἰ οὐκ ἔστι) για ένα δεδομένο αντικείμενο εξετάζονται τρεις συνέπειες (τίνα ἕπεται, τίνα οὐχ ἕπεται, τίνα ἕπεταί τε καὶ οὐχ ἕπεται) που αφορούν σε τέσσερις σχέσεις (αὐτὸ πρὸς ἑαυτό, αὐτὸ πρὸς τὰ ἀντικείμενα, τὰ ἀντικείμενα πρὸς αὑτά, τὰ ἀντικείμενα πρὸς τὸ προκείμενον), προκειμένου να ερμηνεύσει τον διάλογο ως διαλεκτική άσκηση.