Η απαγόρευση της διδασκαλίας της φιλοσοφίας στην Αθήνα με διάταγμα του Ιουστινιανού το 529 μ.Χ., σύμφωνα με τη μαρτυρία του χρονογράφου Ιωάννη Μαλάλα, και η αυτοεξορία των νεοπλατωνικών φιλοσόφων στην αυλή του βασιλιά των Περσών Χοσρόη Β΄, σύμφωνα με τη μαρτυρία του ιστορικού Αγαθία. Τα δύο γεγονότα σήμαναν την αρχή του τέλους της πλατωνικής σχολής των Αθηνών, η οποία γνώρισε ιδιαίτερη ακμή κατά τον 5ο και τον 6ο αι. μ.Χ.

Σύμφωνα με τη μαρτυρία του βυζαντινού χρονογράφου Ιωάννη Μαλάλα (πρώτο μισό του 6ου αι. μ.Χ.), «κατά τη διάρκεια της υπατείας του Δεκίου», δηλ. το 529 μ.Χ., «ο αυτοκράτορας Ιουστινιανός θέσπισε και έστειλε διάταγμα (πρόσταξις) στην Αθήνα, με το οποίο διέταζε να μη διδάσκει κανείς τη φιλοσοφία και να μην ερμηνεύει κανείς τις κινήσεις των άστρων, καθώς και να μη γίνεται χρήση κύβων με μαντικούς σκοπούς σε καμία πόλη, επειδή ορισμένοι κυβοσκόποι που βρέθηκαν στην Κωνσταντινούπολη και υπέπεσαν σε τρομερές βλασφημίες, αφού τους κόπηκαν τα χέρια, διασύρθηκαν πάνω σε καμήλες» (βλ. κειμενικές πηγές 1). Παρότι ο αποσπασματικός χαρακτήρας του χωρίου του Μαλάλα εμποδίζει την αδιαμφισβήτη ερμηνεία του, φαίνεται ότι η φιλοσοφία συνδεόταν στο διάταγμα του Ιουστινιανού με την αστρολογία και την «κυβοσκοπεία» λόγω της σχέσης της με τη βλασφημία κατά της κρατούσας χριστιανικής θρησκείας. Το διάταγμα δεν στρεφόταν, επομένως, κατά της διδασκαλίας της φιλοσοφίας εν γένει αλλά επέβαλε συγκεκριμένα την απαγόρευση της διδασκαλίας της φιλοσοφίας από τους παγανιστές φιλοσόφους της

νεοπλατωνικής σχολής των Αθηνών, η οποία γνώριζε ιδιαίτερη λάμψη υπό την ηγεσία του  

 πλατωνικού διαδόχου

Δαμασκίου. Το διάταγμα αυτό συμπλήρωνε προηγούμενα διατάγματα του  

 Ιουστινιάνειου κώδικα, τα οποία απέκλειαν τους Έλληνες πολυθεϊστές και άλλους μη Χριστιανούς αιρετικούς (Μανιχαίους, Σαμαρίτες) από δημόσιες θέσεις, χωρίς εντούτοις να μπορούν να επηρεάσουν τους  

 καθηγεμόνες της σχολής των Αθηνών, οι οποίοι, σε αντίθεση με αυτούς της

νεοπλατωνικής σχολής της Αλεξάνδρειας, δεν κατείχαν δημόσια αξιώματα αλλά βασίζονταν για τη διαβίωση και τη διδασκαλία τους στη μεγάλη περιουσία της σχολής. Επόμενα διατάγματα επέβαλαν ακόμη αυστηρότερα μέτρα, όπως τη δήμευση της περιουσίας όσων δεν ήταν πρόθυμοι να ασπασθούν τον Χριστιανισμό και τον εκπατρισμό όσων συνέχιζαν να διδάσκουν παγανιστικά μαθήματα. Η αυξανόμενη πίεση κατά των παγανιστών φαίνεται να οδήγησε τους Αθηναίους φιλοσόφους, δύο χρόνια μετά την έκδοση του διατάγματος του Ιουστινιανού, στην απόφαση να αυτοεξοριστούν στην περσική Κτησιφώντα: σύμφωνα με τη μαρτυρία του ιστορικού Αγαθία (δεύτερο μισό του 6ου αι. μ.Χ.), οι φιλόσοφοι κατέφυγαν στην αυλή του Χοσρόη Β΄, ο οποίος ανήλθε στον θρόνο του βασιλείου των Σασσανιδών τον Σεπτέμβριο του 531.

Συγκεκριμένα, σύμφωνα με τη μαρτυρία του Αγαθία, «ο Δαμάσκιος από τη Συρία και ο

Σιμπλίκιος από την Κιλικία, ο Ευλάμιος (ή Ευλάλιος) από τη Φρυγία και ο Πρισκιανός από τη Λυδία, ο Ερμείας και ο Διογένης από τη Φοινίκη, καθώς και ο Ισίδωρος από τη Γάζα, όλοι αυτοί λοιπόν, οι οποίοι υπήρξαν το άκρον άωτον, όπως λέει η ποίηση, των φιλοσόφων της εποχής μας, επειδή δεν συμφωνούσαν με την επικρατούσα άποψη των Ρωμαίων για τον θεό, και επειδή πίστευαν ότι η πολιτεία των Περσών είναι πολύ καλύτερη, έχοντας πεισθεί γι’ αυτό από όσα διέδιδαν οι πολλοί, ότι δηλαδή ο άρχοντας εκεί είναι ο πιο δίκαιος και τέτοιος όπως τον θέλει ο λόγος του Πλάτωνα, δηλαδή η φιλοσοφία και η βασιλεία έχουν γίνει σε αυτόν το ίδιο πράγμα, και ότι οι υπήκοοι είναι απόλυτα σώφρονες και κόσμιοι, και ότι εκεί δεν γεννιούνται ούτε κλέφτες ούτε άρπαγες και δεν διαπράττεται καμία αδικία, αλλά ακόμη και αν αφήσει κανείς κάτι πολύτιμο σε χώρο εντελώς έρημο, δεν πρόκειται να το αφαιρέσει κανείς από όσους θα το βρουν, αλλά μένει έτσι ασφαλές, παρότι αφύλακτο, γι’ αυτόν που το άφησε μέχρι αυτός να επιστρέψει. Έχοντας λοιπόν πεισθεί ότι όλα αυτά ήταν αληθινά, και επειδή ο νόμος τους είχε επιπλέον απαγορεύσει να ζουν εδώ άφοβα ως πολίτες, αφού δεν ακολουθούσαν το καθεστώς, οι φιλόσοφοι πήραν την απόφαση να φύγουν για μακρινά και αφιλόξενα μέρη, προκειμένου να περάσουν εκεί το υπόλοιπο του βίου τους» (βλ. κειμενικές πηγές 2). Η περιγραφή του Αγαθία υποδηλώνει ότι οι Αθηναίοι φιλόσοφοι, πιστοί στην πνευματική τους αποστολή και απρόθυμοι να εγκαταλείψουν την πατρώα θρησκεία τους, δεν είχαν πλέον πολιτική προστασία με αποτέλεσμα να υφίστανται αυξανόμενες αδικίες και επιθέσεις από τους Χριστιανούς συμπολίτες τους. Η συνέχεια της εξιστόρησης του Αγαθία υπονοεί ότι κινδύνευε ακόμη και η ζωή τους: αφού απογοητεύθηκαν πλήρως από τα περσικά ήθη, οι επτά αυτοεξόριστοι φιλόσοφοι προτιμούσαν να επιστρέψουν στην επικράτεια της ρωμαϊκής αυτοκρατορίας και να πεθάνουν παρά να παραμείνουν στην Κτησιφώντα.

Παρόλα αυτά, όπως διευκρινίζει ο Αγαθίας, οι φιλόσοφοι μπόρεσαν να ολοκληρώσουν τη ζωή τους με τον πιο ευχάριστο τρόπο. Στη συνθήκη ειρήνης που υπογράφηκε μεταξύ Ρωμαίων και Περσών το 532, συμπεριλήφθηκε μετά από απαίτηση του Χοσρόη ένα άρθρο το οποίο επέτρεπε στους φιλοσόφους «να επιστρέψουν στις πατρίδες τους και να ζήσουν άφοβα το υπόλοιπο του βίου τους όπως θέλουν, χωρίς να αναγκάζονται να πιστεύουν κάτι διαφορετικό από αυτό που νομίζουν οι ίδιοι ή να αλλάξουν την πατρώα θρησκεία τους» (βλ. κειμενικές πηγές 3). Παρότι το κείμενο της συνθήκης, όπως το μεταφέρει ο Αγαθίας, καθιστά σαφές ότι οι φιλόσοφοι αποκτούσαν το δικαίωμα να μπορούν να ζουν ελεύθεροι και ασφαλείς στις ιδιαίτερες πατρίδες τους (ἐς τὰ σφέτερα ἤθη), παλαιότεροι και σύγχρονοι ερευνητές έχουν προτείνει την Αλεξάνδρεια, την Αθήνα και τις Κάρρες (Χαρράν) της Μεσοποταμίας ως τόπο τελικής εγκατάστασης του Σιμπλικίου και πιθανώς και άλλων από τους επτά φιλοσόφους• εντούτοις, καμία από τις ανωτέρω πόλεις δεν υπήρξε τόπος καταγωγής κάποιου από τους επτά φιλοσόφους. Απεναντίας, όπως μαρτυρεί επιτύμβια στήλη που βρέθηκε στην Έμεσα της Συρίας, ο Δαμάσκιος επέστρεψε πράγματι στην πατρίδα του. Είναι πιθανό ότι ο Σιμπλίκιος και οι υπόλοιποι φιλόσοφοι, αν δεν επέστρεψαν και αυτοί στις δικές τους πατρίδες, ακολούθησαν τον τελευταίο «Πλατωνικό διάδοχο» στη Συρία, θέλοντας να συνεχίσουν να αποτελούν συμπαγή ομάδα παγανιστών φιλοσόφων. Ορισμένες συγχύσεις στη χειρόγραφη παράδοση των έργων τους (το πρώτο βιβλίο του Υπομνήματος του Σιμπλικίου στο Περί ουρανού του Αριστοτέλη παραδίδεται με το όνομα του Δαμασκίου, ενώ το Υπόμνημα του Πρισκιανού στο Περί ψυχής του Αριστοτέλη παραδίδεται με το όνομα του Σιμπλικίου) φαίνεται να συνηγηρούν υπέρ της άποψης ότι οι τελευταίοι φιλόσοφοι της νεοπλατωνικής σχολής των Αθηνών εξακολούθησαν να ζουν και να εργάζονται μαζί.

Το κλείσιμο της σχολής των Αθηνών το 529 μ.Χ. και η αποδημία των Αθηναίων φιλόσοφων το 531/532 μ.Χ. δεν συμπίπτει με το τέλος της αθηναϊκής νεοπλατωνικής φιλοσοφίας. Τα εκτενή υπομνήματα του Σιμπλικίου στον Αριστοτέλη, στα οποία επιχειρείται με μνημειώδη τρόπο η υπεράσπιση της αρχαίας ελληνικής φιλοσοφικής και θρησκευτικής παράδοσης, γράφτηκαν μετά την επάνοδό του από την Περσία.